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基于COI和16S rRNA的库页岛马珂蛤遗传多样性和分子系统进化研究

         

摘要

本研究以库页岛马珂蛤(Pseudocardium sachalinense)为研究对象,讨论COI和16S rRNA两种DNA条形码在贝类的遗传多样性、分子进化和种类鉴定的适用性,并利用两种条形码评估库页岛马珂蛤的遗传多样性.本文在获得库页岛马珂蛤线粒体全基因组的基础上,测序获得库页岛马珂蛤群体的COI和16S rRNA序列,发现COI基因核苷酸多样性为0.00195,高于16S rRNA核苷酸多样性(0.00073).基于COI基因的单倍型多样性为0.76,大于16S rRNA的单倍型多样性(0.318).其次,用全线粒体基因组构建8种贝类的系统进化树为参考,发现基于COI和16S rRNA的系统进化树与参考一致,提示这两种条形码片段可用于推断贝类的分子进化关系.最后,分别对马珂蛤科和帘蛤科15属17种贝类的COI基因和16SrDNA进行序列比较,发现COI基因和16S rRNA的种间遗传距离均是种内距离的62倍.以上结果说明,16S rRNA与COI基因一样,能有效地构建马珂蛤科和帘蛤科的系统发育关系和物种鉴定,但在分析库页岛马珂蛤的遗传多样性时利用COI基因比16S rRNA能发现更多的遗传变异.

著录项

  • 来源
    《中国水产科学》 |2018年第4期|891-901|共11页
  • 作者单位

    中国水产科学研究院, 农业农村部水生动物基因组学重点实验室, 北京 100141;

    上海海洋大学 水产与生命学院, 上海 201306;

    中国水产科学研究院, 农业农村部水生动物基因组学重点实验室, 北京 100141;

    上海海洋大学 水产与生命学院, 上海 201306;

    中国水产科学研究院, 农业农村部水生动物基因组学重点实验室, 北京 100141;

    中国水产科学研究院, 农业农村部水生动物基因组学重点实验室, 北京 100141;

    中国水产科学研究院, 农业农村部水生动物基因组学重点实验室, 北京 100141;

    中国水产科学研究院, 农业农村部水生动物基因组学重点实验室, 北京 100141;

    中国水产科学研究院, 农业农村部水生动物基因组学重点实验室, 北京 100141;

  • 原文格式 PDF
  • 正文语种 chi
  • 中图分类 水产生物学;
  • 关键词

    DNA条形码; COI; 16SrRNA; 马珂蛤科; 帘蛤科; 遗传多样性;

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