牛樟芝Zn(Ⅱ)2Cys6转录因子的全基因组鉴定与分析

罗玛妮娅; 王毅; 郑元; 张璋; 王娟; 杨宇明

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为深入了解牛樟芝Zn(Ⅱ)2Cys6转录因子的功能,利用本地Blast对牛樟芝全基因组的蛋白序列进行全局比对,鉴定出20个牛樟芝Zn(Ⅱ)2Cys6转录因子蛋白序列。通过生物信息学方法对Zn(Ⅱ)2Cys6转录因子进行结构和功能预测,并利用转录组测序分析Zn(Ⅱ)2Cys6转录因子在不同段木培养条件下菌丝体和子实体的表达情况。结果表明:20个Zn(Ⅱ)2Cys6转录因子均具有Cy6型锌指基序,属于GAL4型锌簇蛋白转录因子,其氨基酸数量为225~1384个;理论等电点平均pI值为6.91,均为不稳定蛋白;其中,AcCys6-17存在跨膜结构;AcCys6-9、AcCys6-14定位在细胞质中;平均每个转录因子含9个外显子,AcCys6-6有25个外显子,二级结构以无规卷曲为主要结构。Zn(Ⅱ)2Cys6转录因子基因表达在不同段木的菌丝体和子实体存在差异,有11个转录因子在香樟段木菌丝体表达量高,AcCys6-16在香樟段木子实体表达量高;AcCys6-11在牛樟段木菌丝体表达量高;AcCys6-4在云南樟段木菌丝体表达量最高。

著录项

来源
《森林与环境学报》 |2021年第2期|P.157-163|共7页
作者
罗玛妮娅; 王毅; 郑元; 张璋; 王娟; 杨宇明;
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作者单位

西南林业大学林学院云南昆明650224云南省林业和草原科学院云南昆明650201;

云南省林业和草原科学院云南昆明650201云南省森林植物培育与开发利用重点实验室云南昆明650201;

西南林业大学林学院云南昆明650224;

西南林业大学林学院云南昆明650224云南省林业和草原科学院云南昆明650201;

西南林业大学绿色发展研究院云南昆明650233;

西南林业大学绿色发展研究院云南昆明650233;

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正文语种 chi
中图分类 Q939.5;
关键词
牛樟芝; Zn(Ⅱ)2Cys6转录因子; 生物信息学表达分析; 转录组分析;

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