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利用共表达网络分析寻找肝细胞肿瘤术后复发分子标记物

         
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目的 结合肝细胞肿瘤(hepatocellular carcinoma,HCC)患者的表达谱数据和基因共表达网络分析,寻找HCC术后复发相关的分子标记物.方法 筛选35/41例术后复发/未复发患者的表达谱数据的差异表达基因,然后建立基因共表达网络;利用MCODE软件寻找网络中基因共表达模块以及核心基因;最后,利用三种交叉验证方法[留一交叉验证(LOOCV)、十折交叉验证(10 fold CV)以及蒙特卡罗交叉验证(MCCV)]证明核心基因的分类能力.结果 差异表达基因筛选得到316个差异基因,共表达网络分析得到了包括84个基因的网络,MCODE软件分析得到两个基因模块及其核心基因:RACGAP1和ETS2.三种交叉验证实验发现,这两个基因对HCC样本的分类结果,LOOCV:87％(86％ ～ 89％)、10 fold CV:88％(87％ ～89％),MCCV:85％(85％ ～86％).结论 以上结果提示,RACGAP1和ETS2基因可作为HCC术后复发的分子标记物.

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