燕麦microRNAs及其靶基因的生物信息学预测

郭红媛; 贾举庆; 段娜; 张怡晴; 舒国平; 陈潇洒

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燕麦microRNAs及其靶基因的生物信息学预测

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microRNAs(miRNAs)是一类长度约22 nt的内源性非编码单链小分子RNA,通过与靶基因互补位点配对结合,在转录后水平负性调控靶基因的表达.根据miRNA在植物中的高度保守性及其前体二级结构特征,用同源预测方法将大麦、小麦、二穗短柄草等已知的植物miRNAs与燕麦表达序列标签(EST)和基因组概览序列(GSS)数据库中的非编码序列比对,采用一系列的标准进行筛选,最后预测得到46个燕麦miRNAs前体,通过在线psRNATarget检索共预测到61个靶基因.结果表明,通过生物信息学方法大大提高了发现miRNAs及其靶基因的效率,补充了燕麦miRNA数据库的不足.

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来源
《山西农业科学》 |2014年第5期|428-431|共4页
作者
郭红媛; 贾举庆; 段娜; 张怡晴; 舒国平; 陈潇洒;
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作者单位

山西农业大学农学院,山西太谷030801;

山西农业大学农学院,山西太谷030801;

山西农业大学农学院,山西太谷030801;

山西农业大学农学院,山西太谷030801;

山西农业大学农学院,山西太谷030801;

山西农业大学农学院,山西太谷030801;

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正文语种 chi
中图分类燕麦;
关键词
microRNA; 燕麦; EST; GSS; 靶基因;

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