• 主题
高级搜索  >
历史搜索 清空历史
首页> 中文期刊> 《华南农业大学学报》 >基因Ⅵb亚型半番鸭源新城疫病毒基因组测序及分析

基因Ⅵb亚型半番鸭源新城疫病毒基因组测序及分析

         
页面导航
  • 摘要
  • 著录项
  • 相似文献
  • 相关主题

摘要

Based on the genome sequence of newcastle disease virus(NDV) published in GenBank,nine pairs of gene-specific primers were designed to amplify cDNA of FJ-SMD-03 strain isolated from Semi-Muscovy duck in Fuzhou, Fujian ,then sequecing and analysis were performed. The results showed that FJ-SMD-03 was 15 192 nucleotides in length which consisted of six ORFs in the order of 3'leader-NP-P-M-F-HN-L-5 'trailer and it had six nucleotides longer than Lasota strain in non-coding region of NP gene. The genome shared the highest similarity of the nucleotide with 1.3, carrier-pigeon/Guangdong/2008, pi-geon/Italy/1166/00, AV324/96 and dove/Italy/2736/00 (94.9% - 98. 5% ), and shared the lowest similarity of the nucleotide with vaccine strain Lasota, Mukteswar and Bl (80. 7% -83. 3% ) , whereas it shared lower similarity of the nucleotide with strain F^Eg and Muscovy duck/China ( Fujian )/FPl/02, Subgenotype Vlld, velogenic, isolated from Muscovy duck in Fujian during 2002 for 82. 5% and 87. 1% respectively. The motif of cleavage site region of F gene was "2 R-R-Q-K-R-F117, which was the sequencesignature of virulent strain. Phylogenetic analysis revealed that FJ-SMD-03 belonged to subgenotype Vib, Class II , which was the first report of the subgenotype Vib virulent NDV strain isolated from Semi-Muscovy duck. FJ-SMD-03 was closely associated with 1. 3 , carrier-pigeon/Guangdong/2008 and pigeon/Ita-ly/1166/00 and formed a secondary branch in the phylogenetic tree with carrier-pigeon/Guangdong/ 2008,which suggested that FJ-SMD-03,carrier-pigeon/Guangdong/2008 and pigeon/Italy/1166/00 came from the same origin, which might be due to virus carried by pigeons.%根据GenBank上发布的新城疫病毒基因组序列,设计了9对引物,对从福建福州地区发病半番鸭场分离的新城疫病毒FJ-SMD-03株进行了基因组cDNA扩增测序和分析.结果表明:FJ-SMD-03的基因组序列由15 192 nt组成,在NP基因非编码区比Lasota株多了6个核苷酸ACACTC；基因组由6个ORF组成,即3’-NP-P-M-F-HN-L-5’序列.BLAST结果显示:FJ-SMD-03基因组核苷酸与1.3、carrier-pigeon/Guangdong/2008、pigeon/Italy/1166/00、AV324/96和dove/Italy/2736/00相似性最高,达94.9％～98.5％；与疫苗株Lasota、Mukteswar和B1的相似性最低,为80.7％～83.3％；与我国标准强毒株F48E8及2002年从福建番鸭中分离到的基因Ⅶd亚型强毒株Muscovy duck/China(Fujian)/FP1/02相似性较低,分别为82.5％和87.1％.F蛋白裂解位点的氨基酸序列为112 R-R-Q-K-R-F117,具有强毒株序列特征,进化树分析发现,FJ-SMD-03属于ClassⅡ类基因Ⅵb亚型,证明鸭群中有Ⅵb亚型NDV强毒株；FJ-SMD-03株NDV与1.3、carrier-pigeon/Guangdong/2008和pigeon/Italy/1166/00亲缘关系较近,与carrier-pigeon/Guangdong/2008形成一个小的进化分支,推测FJ-SMD-03株与carrier-pigeon/Guangdong/2008和pigeon/Italy/1166/00株来源于共同的祖代毒株,可能与鸽携带的病毒有关.

著录项

  • 来源
    《华南农业大学学报》 |2012年第1期|106-112|共7页
  • 作者

    黄秋芳; 孙敏华; 陈少莺; 吕殿红; 董嘉文; 尚毅; 吴玄光; 胡奇林;

  • 作者单位

    华南农业大学兽医学院;

    广东广州510642;

    广东省农业科学院兽医研究所;

    广东省兽医公共卫生公共实验室;

    广东广州510640;

    广东省农业科学院兽医研究所;

    广东省兽医公共卫生公共实验室;

    广东广州510640;

    福建省农业科学院畜牧兽医研究所;

    福建福州350013;

    广东省农业科学院兽医研究所;

    广东省兽医公共卫生公共实验室;

    广东广州510640;

    广东省农业科学院兽医研究所;

    广东省兽医公共卫生公共实验室;

    广东广州510640;

    华南农业大学兽医学院;

    广东广州510642;

    广东省农业科学院兽医研究所;

    广东省兽医公共卫生公共实验室;

    广东广州510640;

    华南农业大学兽医学院;

    广东广州510642;

    广东省农业科学院兽医研究所;

    广东省兽医公共卫生公共实验室;

    广东广州510640;

  • 原文格式 PDF
  • 正文语种 chi
  • 中图分类 病毒病;
  • 关键词

    新城疫病毒; Ⅵb亚型; 基因组; 序列测定; 遗传分析;

相似文献

  • 中文文献
  • 外文文献
  • 专利
获取原文

客服邮箱：kefu@zhangqiaokeyan.com

京公网安备：11010802029741号 ICP备案号：京ICP备15016152号-6 六维联合信息科技 (北京) 有限公司©版权所有

  • 客服微信

  • 服务号