序列测定

摘要： 目的利用CRISPR/Cas9系统构建精子特异性磷脂酶C zeta-1(phospholipase C zeta1,Plcz1)基因敲除(Plcz1)小鼠模型,探讨Plcz1基因在雄性小鼠生育过程中的作用。方法选择小鼠Plcz1基因第6、7外显子作为靶位点,前后两个位点设计2对sgRNA序列,再将2对sgRNA以Golden Gate方法插入pX330A质粒中,构建pX330-sgRNA重组质粒。经扩增、纯化后,将重组质粒显微注射进小鼠受精卵原核中,进行胚胎移植至代孕母鼠,F0代小鼠出生后,提取其尾DNA进行PCR鉴定和DNA测序分析。通过F0代与野生型小鼠交配得到F1代小鼠,F1代交配繁殖至F2代获得Plcz1基因缺失的小鼠纯合品系,Plcz1与野生型小鼠交配,分析Plcz1雄鼠的生育能力。结果成功构建pX330-sgRNA重组质粒,通过繁育和测序筛选获得3只Plcz1雄鼠(Plcz1、Plcz1、Plcz1),对3只小鼠进行目的基因测序发现:(1)Plcz1:Plcz1基因第6、7外显子区域缺失3078 bp;(2)Plcz1:第7外显子区域缺失7 bp,该小鼠在饲养过程中死亡;(3)Plcz1:Plcz1基因第6外显子区域缺失1 bp。结论利用CRISPR/Cas9,成功获得Plcz1雄性小鼠,Plcz1雄性小鼠可育,但与野生型小鼠相比,其生育能力明显下降。

摘要： 猪瘟(CSF)是由猪瘟病毒(CSFV)感染猪引起的一种急性、热性、接触性传染病,严重危害我国养猪业健康稳定发展.本研究采用RT-PCR方法,对从云南省宁洱县2头病死野猪体内分离到的2株CSFV毒株进行了E2及5'NTR基因扩增、克隆及序列测定;采用DNAMAN、MEGA6等分子生物学软件,对测得的序列与国内外参考毒株进行了同源性分析及系统发育分析.结果显示:2株野猪源CSFV株E2、5'NTR基因同源性分别为87.2％、100％,与国内外参考毒株同源性分别为81.0％～97.6％、93.6％～98.5％,与我国强毒株Shimen株的同源性分别为81.0％～81.2％、95.6％;2株野猪源CSFV毒株E2基因属于基因2.1亚型,5'NTR基因属于基因2.3亚型.氨基酸序列分析显示:其中一株分离毒株的E2基因有6个氨基酸具有2.1d分子变异特征,另一株兼有2.1d和2.1b亚型分支特征,可能是2.1b和2.1d亚型的过渡毒株.结果表明,云南省野猪源CSFV虽存在一定的遗传衍化,但总体比较稳定.本研究为云南省CSF防控提供了分子流行病学依据,为进一步做好分子变异等研究奠定了基础.

摘要： 抗除草剂bar基因是转基因植物中常用标记基因,也是转基因成分检测中重要的筛选基因.参照标准方法,检测水稻和小麦2个待测样的bar基因,通过分析待测样和对照样凝胶电泳结果,比对bar基因序列与标准序列的差异,结果发现水稻bar基因序列为236 bp,比标准提供的262 bp片段小26 bp;小麦待测样中bar基因序列为485 bp,比标准提供序列大223 bp,两待测样与标准序列相似度较低,不能判定为阳性.采用测序技术进一步确证转基因成分检测中的特异性片段,对结果判定具有重要的参考作用.

摘要： 目的:建立重组人胰岛素原料药N末端氨基酸序列的测定方法.方法:基于Edman降解原理,重组人胰岛素原料药样品经1％乙酸溶液处理,采用PPSQ-53A蛋白质测序仪依序切割N末端氨基酸后,注入高效液相色谱仪,使用Wakopak?Wakosil PTH-GR硅胶柱,通过梯度洗脱分离,流速为0.3 ml/min,柱温为35°C,进样体积为50μl,PDA检测器分析波长为269 nm.同时,采用PPSQ-53A蛋白测序仪进行等度洗脱分析N末端序列.结果:重组人胰岛素原料药N末端氨基酸理论序列:A链为Gly-Ile-Val-Glu-Gln-Cys-Cys-Thr-Ser-Ile-Cys-Ser-Leu-Tyr-Gln;B链为Phe-Val-Asn-Gln-His-Leu-Cys-Gly-Ser-His-Leu-Val-Glu-Ala-Leu.经测定,样品梯度洗脱的测定结果与理论序列一致,等度洗脱获得的N末端序列也与理论序列一致.结论:所用方法操作简便、可行,能够用于测定重组人胰岛素原料药的N末端氨基酸序列.

摘要： 为对采集自昆明某大型牲畜交易市场的一例PPRV阳性鼻拭子样本进行追根溯源,设计引物采用RT-PCR方法进行PPRV病毒基因组关键基因N、P、M、F、H核苷酸序列扩增,并进行序列测定和遗传进化分析.结果显示:N、P、M、F、H基因均有预期片段扩增,其读码框(ORF)长度分别为1578、1531、1008、1641及1830 nt;N、P、M、F及H构建的遗传进化树均显示所测毒株为基因IV型,同2013年在新疆伊犁山羊中检测到的毒株(KM091959)同源性最高,N、P、M、F、H核苷酸同源性分别为99.2％、99.0％、99.4％、99.6％和99.3％,推断氨基酸同源性分别为98.7％、98.4％、100.0％、99.8％和99.3％.研究表明,检测到的毒株仍为2013～2014年我国PPRV流行期的基因IV型毒株,变异较小;所测毒株的N、P、M、F、H 5个关键基因中,M基因最保守、其次是F/H基因,而N、P基因略有变异.

摘要： 为了分析2019年禽腺病毒(FAdV)遗传变异情况,通过PCR分段扩增、测序,获得11株FAdV Hexon基因序列.经分析发现,11株腺病毒Hexon基因高变区核苷酸序列同源性为66.1％～100.0％,推导编码的氨基酸序列同源性为56.5％～100.0％;与参考株核苷酸序列同源性为65.4％～ 100％,与参考株氨基酸序列同源性为56.5％～100.0％.其中9株序列基因长度均为738 nt,编码246个氨基酸;GX-1901001毒株序列基因长度均为750 nt,编码250个氨基酸;HB-1911039毒株序列基因长度均为756 nt,编码252个氨基酸.与目前流行株相比,本试验获得的11株腺病毒Hexon基因存在不同程度的变异或缺失,在进化树中已形成多个小分支.表明我国FAdV在流行过程中已出现变异.本试验结果为监测和分析我国FAdV的变异和演化提供了有价值的基因信息数据.

摘要： 目的:建立重组人胰岛素原料药N末端氨基酸序列的测定方法。方法:基于Edman降解原理,重组人胰岛素原料药样品经1%乙酸溶液处理,采用PPSQ-53A蛋白质测序仪依序切割N末端氨基酸后,注入高效液相色谱仪,使用Wakopak Wakosil PTH-GR硅胶柱,通过梯度洗脱分离,流速为0.3 ml/min,柱温为35°C,进样体积为50μl,PDA检测器分析波长为269 nm。同时,采用PPSQ-53A蛋白测序仪进行等度洗脱分析N末端序列。结果:重组人胰岛素原料药N末端氨基酸理论序列:A链为Gly-Ile-Val-Glu-Gln-Cys-Cys-Thr-Ser-Ile-Cys-Ser-Leu-Tyr-Gln;B链为Phe-Val-Asn-Gln-His-Leu-Cys-Gly-Ser-His-Leu-Val-Glu-Ala-Leu。经测定,样品梯度洗脱的测定结果与理论序列一致,等度洗脱获得的N末端序列也与理论序列一致。结论:所用方法操作简便、可行,能够用于测定重组人胰岛素原料药的N末端氨基酸序列。

摘要： 参照发表的猪圆环病毒2型(porcine circovirus type 2,PCV2)全基因组序列,设计合成了一对特异性引物,对2014年从河北省满城县某发病猪场分离到的1株PCV2(命名为HB—MC1)的全基因组进行了序列测定.应用DNAStar序列分析软件,对所测序列与GenBank中登录的PCV2序列进行同源性比较,结果显示,HB—MC1柣的基因组全长为1767nt,其ORF1序列与GenBank登录的一些具有代表性的PCV2参考序列同源性高达97.2％～99.9％,其ORF2同源性在89.9％—99.6％.进化树分析结果显示,该毒株为PCV2α亚型,毒株部分核苷酸位点显示其属于强毒力毒株.研究结果揭示了HB—MC1株基因组特征与摹因亚型,丰富了PCV2的基因组信息数据.

摘要： 本研究自广东省新兴地区疑似新型鸭呼肠孤病料样品中分离出一株病毒,命名为DRV-XX株.利用RT-PCR方法对DRV-XX株进行全基因组序列扩增,拼接获得其全基因组(23419bp),对其10个基因节段进行分析显示,该分离株与禽呼肠孤病毒(ARV)及番鸭呼肠孤病毒(MDRV)的相似性较低,而与国内NDRV相似性较高(99％),表明该分离株为NDRV.对其10个RNA节段分别进行测序及遗传进化分析,其中S3基因序列分析显示,DRV-XX与MDRV共同构成一主干支,与其S1、S2、S4、M1、M3、L1基因的一致;而M2基因进化树显示,DRV-XX与ARV处于同一主干支;由L2、L3组基因分析显示,DRV-XX与ARV在同一主干支,并有MDRV参与其中,而另一主干支为MDRV.因此,推测DRV-XX株的不同基因组节段来源不同,可能是ARV和MDRV发生同义突变,也可能是基因重组的结果.该研究丰富了NDRV的基因库相关信息,也为广东地区NDRV的防制提供一定参考依据.

摘要： 牛传染性鼻气管炎病毒(Infectious bovine rhinotracheitis virus,IBRV)上海株IBRV SH7 08/12分离自上海某奶牛场IBRV抗体阳性牛,为进一步了解该分离株的遗传进化关系,对其gB、gD基因进行克隆和序列测定,结果IBRV上海分离株gB、gD基因序列分别为2802bp和1254bp,编码933、417个氨基酸组成的完整开放阅读框.IBRV上海分离株与Genebank发表的BHV NVSL challenge 97-11株和Coopeer株的核苷酸同源性均为100％,与遗传进化树的结果相一致,同属BHV 1.1型.

摘要： 本实验用RHDV CD株人工感染家兔,发病死亡后,取肝脏匀浆,用Trizol试剂从匀浆上清中提取病毒RNA.根据Genbank已发表序列保守区设计并合成引物,采用RT-PCR方法扩增了RHDV衣壳蛋白VP60主要抗原表位基因.PCR产物纯化后,进行序列测定.测序结果表明,VP60主要抗原表位基因长525bp.该序列与已发表的其它13株RHDV VP60同一核苷酸序列及推导的氨基酸序列进行同源性比较.结果显示,C)株核酸序列与WX-84株同源性最高为97.5％,与其它毒株的同源性在92.0％-96.6％之间.氨基酸序列与WX-84株、墨西哥Mexico-89株同源性最高为99.4％,与其它毒株的同源性在96.6％-98.3％之间.

摘要： 本研究利用克隆测序和PCR产物直接测序技术对塔河马鹿、天山马鹿、阿尔泰马鹿、东北马鹿和甘肃马鹿30个个体的线粒体DNA基因组全长进行测定，分析全序列并构建系统进化树。

摘要： 运用RT-PCR方法从中国环颈雉的总RNA中克隆了脂蛋白酯酶(LPL)基因的cDNA部分序列,然后运用Real-timePCR法检测了LPL基因在中国环颈雉不同发育阶段、不同组织及不同品种间的表达情况.结果表明,中国环颈雉LPL基因cDNA序列为791bp,与鸡的基因序列同源性较高.中国环颈雉LPL基因在150日龄表达量最大,胸肌为优势表达组织,与活重、胸肌和腿肌肌内脂肪含量存在相关性.中国环颈雉LPL基因的研究,为进一步研究中国环颈雉的生长调控和育种繁育提供理论依据.

摘要： 利用血凝和血凝抑制试验以及RT-PCR方法,从送检的病鸡中同时分离到了H9N2亚型的禽流感病毒和新城疫病毒,说明送检的病鸡中存在禽流感和新城疫的混合感染;又通过新城疫分离毒株F基因和禽流感分离株HA基因的序列测定,分别确定了混感的两种病毒的遗传进化关系,从而为目前禽病的防控提供一定的方向性.

摘要： 本研究通过对乙型脑炎活疫苗减毒过程中间株SA14-12-1-7,SA14-9-7,SA14-5-3株进行全序列测定和分析，进一步了解乙脑活疫苗减毒及弱毒力稳定性的分子机制。

摘要： 运用PCR和测序技术对哈国和中国新疆地区哈萨克马mtDNA D-loop和ATP6-Arg (nps 7974-9963)区序列进行测定。结果D-loop区的单倍体型多样度(Hd)和核普酸多样度(Pi屡比功能基因区ATP6-Arg的高。两个群休哈萨克马之间的Hd和Pi都没有显著差异;按照mtDNA全基因序列分型方法，哈萨克马群体由13个世系(单倍体型组)(A,B,C,G,E,I,L,J,R,N,O,P,Q)组成，其中有7个世系的分布频率大于5%，占世界家马世系的72%，表明哈萨克马具有非常丰富的母系遗传背景。实验结果揭示了中国新疆哈萨克马和哈萨克斯坦哈萨克马很近的亲缘关系，而新疆哈萨克马选育严重落后，借鉴哈萨克斯坦国对哈萨克马提纯复壮的经验之路也许是个可行的选择。

摘要： 运用PCR和测序技术对哈国和中国新疆地区哈萨克马mtDNA D-loop和ATP6-Arg (nps 7974-9963)区序列进行测定。结果D-loop区的单倍体型多样度(Hd)和核普酸多样度(Pi屡比功能基因区ATP6-Arg的高。两个群休哈萨克马之间的Hd和Pi都没有显著差异;按照mtDNA全基因序列分型方法，哈萨克马群体由13个世系(单倍体型组)(A,B,C,G,E,I,L,J,R,N,O,P,Q)组成，其中有7个世系的分布频率大于5%，占世界家马世系的72%，表明哈萨克马具有非常丰富的母系遗传背景。实验结果揭示了中国新疆哈萨克马和哈萨克斯坦哈萨克马很近的亲缘关系，而新疆哈萨克马选育严重落后，借鉴哈萨克斯坦国对哈萨克马提纯复壮的经验之路也许是个可行的选择。

摘要： 提供了使用受损DNA聚合酶检测同源核苷酸的结合测序方法，所述受损DNA聚合酶具有以模板依赖性方式结合引物下游的下一个正确核苷酸的能力，但不具有促进磷酸二酯键形成所需的活性。受损DNA聚合酶的使用允许每次询问一个核苷酸，而不掺入任何核苷酸。标记的核苷酸，如荧光标记的核苷酸，可联合所述受损DNA聚合酶使用以便以快速方式测定同源核苷酸同一性。

摘要： 本发明涉及一种基于多肽两末端准等重稳定同位素标记的蛋白质的氨基酸序列从头测序方法。所述从头测序方法是以胰蛋白酶对变性还原烷基化后的蛋白质进行酶切，形成含有N末端α‑氨基和C末端α‑羧基的肽段。将样品分为两份，一份使用胰蛋白酶在

摘要： 本申请公开了制备用于测序的DNA链的方法，以及使用根据这些方法制备的DNA链的遗传构建体、文库和阵列。本申请还公开了使用产生的DNA链、遗传构建体、文库和阵列进行测序的方法。在某些方面，被测序的DNA包括靶序列和至少一个衔接子序列。

摘要： 本发明提供核酸序列测定方法及装置、核酸序列测定用元件及其制造方法，所述核酸序列测定方法包括测量来自被提供了样品溶液的核酸序列测定用元件的荧光，所述元件包括：荧光探针，附加有荧光分子；消光探针，附加有消光物质，所述荧光探针和/或所述消光探针具有检测特定的核算序列的检测部，当检测对象核酸和所述检测部的杂交未产生时，来自所述荧光分子的荧光被与所述荧光分子结合了的所述消光物质消光，当所述杂交产生了时，远离了所述消光物质的所述荧光分子呈现荧光。

摘要： 本发明公开了成像方法、控制序列测定反应的方法、装置及系统。成像方法用于光学检测系统，光学检测系统包括成像装置和承载装置，承载装置包括温控装置和载台，成像装置包括镜头模组，镜头模组包括光轴，载台用于承载样品，温控装置用于调节样品的温度，成像方法包括：在利用成像装置对样品进行图像采集之前或者在利用成像装置对样品进行图像采集时，利用温控装置设定允许样品的温度波动的范围，以使镜头模组沿光轴的位置波动范围位于预设范围内。如此，利用上述成像方法，能够将镜头模组的位置波动范围控制在预设范围内，减少或避免对成像装置进行图像采集时的不利影响。

摘要： 核酸序列测定装置(1)测定样品中包含的具有特定的核酸序列的目标(TG)。核酸序列测定装置(1)具备：检测从因目标(TG)的添加而发出荧光的核酸序列测定用设备(DV)发出的荧光的检测部(12)；以及基于检测部(12)的检测结果，根据以下的第1光量与第2光量的差而测定所述目标的演算部(25)，所述第1光量表示对核酸序列测定用设备(DV)添加样品之前或刚添加之后的第1时间点的、从核酸序列测定用设备(DV)的预先规定的测定区域发出的荧光的光量，所述第2光量表示对核酸序列测定用设备(DV)添加样品起经过预先规定的时间后的第2时间点的、从相同测定区域发出的荧光的光量。

摘要： 本发明公开对序列测定反应进行控制的方法和序列测定系统和控制装置。序列测定系统包括流体装置和光学装置，反应装置包括第一单元和第二单元，定义序列测定反应包含的一种重复执行单位为第二生化反应‑第一生化反应‑拍照，方法包括在完成初始步骤之后，使得当利用流体装置使第一单元和第二单元中的一个上的样品进行第二生化反应和第一生化反应的同时，利用光学装置对另一个单元上的样品进行拍照。初始步骤包括：a利用流体装置使第一单元和第二单元中的一个进行样品的第一生化反应，b利用光学装置对进行第一生化反应后的单元的样品的进行拍照，c利用流体装置使第一单元和第二单元的另一个进行样品的第一生化反应。上述方法可提高序列测定效率。

摘要： 本发明提供核酸序列测定方法及装置、核酸序列测定用元件及其制造方法，所述核酸序列测定方法包括测量来自被提供了样品溶液的核酸序列测定用元件的荧光，所述元件包括：荧光探针，附加有荧光分子；消光探针，附加有消光物质，所述荧光探针和/或所述消光探针具有检测特定的核算序列的检测部，当检测对象核酸和所述检测部的杂交未产生时，来自所述荧光分子的荧光被与所述荧光分子结合了的所述消光物质消光，当所述杂交产生了时，远离了所述消光物质的所述荧光分子呈现荧光。

摘要： 本申请公开了一种测定核酸序列的方法、核酸序列测定系统、计算机可读存储介质和计算机程序产品，测定核酸序列的方法包括：将设有第一流道和第二流道的旋转阀转动至第一阀位置，以连通第一存储器和反应装置；在旋转阀处于第一阀位置的情况下，使第一反应液经过第一流道进入反应装置以进行第一反应；将旋转阀转动至第二阀位置，以连通第二存储器和反应装置；在旋转阀处于第二阀位置的情况下，使第二反应液经过第二流道进入反应装置以进行第二反应，以实现该核酸分子的序列测定。如此，转阀处于不同的位置可以实现对不同液体的流向进行独立控制、操作，使得核酸分子的序列测定更加容易实现。

摘要： 本申请公开了一种旋转阀、液路系统和核酸序列测定系统。旋转阀被构造成在第一阀位置和第二阀位置之间转动，旋转阀设有公共端口、多个第一端口、多个第二端口和多个连通槽，连通槽可选择地连通公共端口和第一端口或者第一端口和第二端口；在旋转阀处于第一阀位置的情况下，第一端口与第二端口通过连通槽连通，形成有第一流道，在旋转阀处于第二阀位置的情况下，第一端口与公共端口通过连通槽连通，形成有第二流道。如此，应用该旋转阀于包含多条液路/流路的液路系统，能够实现对该些多条液路的独立或并行地三通控制，可以避免液路系统中同时设置多个三通阀，从而使得液路系统紧凑、制备成本降低。