杨树LEA基因家族全基因组鉴定及表达分析

李军; 赵爱春; 刘长英; 王茜龄; 刘晓清; 余茂德

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杨树LEA基因家族全基因组鉴定及表达分析

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从杨树基因组中鉴定LEA蛋白家族成员,并分析基因在杨树各组织以及在种子形成、吸涨及萌发过程中的表达情况.从NCBI下载拟南芥、水稻以及大豆等植物的LEA蛋白家族成员,通过blastP程序从杨树基因组中鉴定出候选基因,并采用pfam程序进行进一步筛选获得杨树LEA蛋白基因,最后通过芯片以及EST数据分析基因的表达量.通过对杨树LEA蛋白基因家族在全基因组水平上的搜索,确定了杨树LEA蛋白家族8个亚家族,共87个成员,发现在花中有16个基因高量表达,且其中8个基因具有很高的组织特异性.在吸涨种子中,PtLEA1.1和PtLEA3.1有高量的表达,LEAⅣ,LEAⅤ,LEAⅥ及SMP亚家族成员都具有特异的表达.12个基因在萌发种子中有高量的表达,其中4个基因特异表达,5个基因在种子萌发过程中可能受到光照的影响.此外,3个基因在成熟叶片中出现了下调表达,8个基因在根中具有高量表达,3个基因的高量表达在木质部中被发现.杨树LEA蛋白不同亚家族成员可能参与了植物种子的生长发育、种子的萌发及对胁迫的响应等多种生理功能.

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来源
《西南师范大学学报：自然科学版》 |2016年第8期|48-56|共9页
作者
李军; 赵爱春; 刘长英; 王茜龄; 刘晓清; 余茂德;
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作者单位

贵阳中医学院;

西南大学生物技术学院;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类目的基因的获得;
关键词
杨树; LEA蛋白; EST; 基因芯片; 基因表达;

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