基于高通量测序的黄姑鱼转录组从头组装和基因注释分析

王余菊; 娄方瑞; 水柏年

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基于高通量测序的黄姑鱼转录组从头组装和基因注释分析

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为了进一步挖掘黄姑鱼的基因数据库资源,本研究采用高通量测序技术对采自舟山的黄姑鱼进行了全转录组测序,获取了42 809 266条Clean Reads。Clean Reads通过从头组装并进一步聚类为32 623条Unigenes,平均长度和N50分别为1 646 bp和2 777 bp。利用国际上7个主要的基因注释数据库(Nr、Nt、Pfam、KOG、Swiss-prot、KEGG和GO)对所有的Unigenes进行基因功能分析,共有28 645条Unigenes在至少以上一个数据库中成功获得注释信息。而后将所有的Unigenes进行蛋白库比对和estscan软件预测,共获得30 382个CDS;分子标记筛查后共得到了29 022个潜在的SSRs。作为一项重要的研究基础,本研究提供的转录组信息有助于为黄姑鱼的分子水平研究提供新的认识。

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来源
《浙江海洋学院学报（自然科学版）》 |2019年第6期|475-480494|共7页
作者
王余菊; 娄方瑞; 水柏年;
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作者单位

浙江海洋大学水产学院浙江舟山 316022;

中国海洋大学水产学院山东青岛 266003;

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正文语种 chi
中图分类水产生物学;
关键词
黄姑鱼; 转录组; 从头组装; 基因注释; 编码序列; 简单重复序列标记;

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