豹猫转录组从头组装及组织特异性表达分析

蒋兰; 张雪艳; 王俊茵; 李静

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豹猫Prionailurus bengalensis是亚洲分布最广的食肉动物之一,国家二级重点保护野生动物.本研究对豹猫6个组织(大脑、心脏、肾脏、肝脏、肺和骨骼肌)进行了转录组测序,共获得51.4 Gb的原始数据.使用Trinity进行从头组装,最终获得了369246条转录本,其平均长度为1465 bp,转录本N50长度为2660 bp,组装质量较高.注释结果显示,约42.44％(114517条)的转录本在4个公共数据库中成功获得注释,65895条转录本被分配到了386条KEGG通路中.根据转录本表达量构建各组织的表达图谱、计算组织特异性指数(TSI),39.65％的转录本为0.15≤TSI≤0.85,具有中等组织特异性,60.34％的转录本TSI>0.85,具有较高的组织特异性.统计豹猫每个组织中表达量最高的10条转录本,共39条转录本,其中26条的表达具有高组织特异性(TSI>0.85),显示大部分高表达基因都表现出高组织特异性.

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来源
《四川动物》 |2021年第5期|497-508|共12页
作者
蒋兰; 张雪艳; 王俊茵; 李静;
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作者单位

四川大学生命科学学院生物资源与生态环境教育部重点实验室成都610065;

四川大学生命科学学院生物资源与生态环境教育部重点实验室成都610065;

峨眉山景区管委会峨眉山生物多样性保护研究所四川峨眉山614200;

四川大学生命科学学院生物资源与生态环境教育部重点实验室成都610065;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类基因工程（遗传工程）;食肉目;
关键词
豹猫; 转录组; 从头组装; 组织特异性表达;

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