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首页> 美国卫生研究院文献>Acta Crystallographica Section D: Biological Crystallography >A general method for phasing novel complex RNA crystal structures without heavy-atom derivatives
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A general method for phasing novel complex RNA crystal structures without heavy-atom derivatives

机译：没有重原子衍生物的新型复杂RNA晶体结构定相的一般方法

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摘要

The crystallographic phase problem [Muirhead & Perutz (1963), Nature (London), >199, 633–638] remains the single major impediment to obtaining a three-dimensional structure of a macromolecule once suitable crystals have been obtained. Recently, it was found that it was possible to solve the structure of a 142-nucleotide L1 ligase ribozyme heterodimer that possesses no noncrystallographic symmetry without heavy-atom derivatives, anomalous scattering atoms or other modifications and without a model of the tertiary structure of the ribozyme [Robertson & Scott (2007), Science, >315, 1549–1553]. Using idealized known RNA secondary-structural fragments such as A-form helices and GNRA tetraloops in an iterative molecular-replacement procedure, it was possible to obtain an estimated phase set that, when subjected to solvent flattening, yielded an interpretable electron-density map with minimized model bias, allowing the tertiary structure of the ribozyme to be solved. This approach has also proven successful with other ribozymes, structured RNAs and RNA–protein complexes.
机译：晶体相问题[Muirhead＆Perutz（1963），Nature（伦敦），> 199 ，633–638]仍然是获得大分子三维结构的唯一主要障碍。获得。最近，发现有可能解决具有重结晶衍生物，反常散射原子或其他修饰且没有核酶三级结构模型的，具有非晶体对称性的，具有非晶体对称性的142个核苷酸的L1连接酶核酶异二聚体的结构。 [Robertson＆Scott（2007），《科学》，> 315 ，1549–1553]。在迭代的分子置换过程中，使用理想的已知RNA二级结构片段（例如A型螺旋和GNRA四环），可以获得估计的相集，该相集在进行溶剂平坦化时会产生可解释的电子密度图，其中最小化模型偏差，可以解决核酶的三级结构。这种方法也已被证明可以与其他核酶，结构化的RNA和RNA蛋白复合物一起使用。

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