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首页> 美国卫生研究院文献>Genome Biology >HmmUFOtu: An HMM and phylogenetic placement based ultra-fast taxonomic assignment and OTU picking tool for microbiome amplicon sequencing studies
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HmmUFOtu: An HMM and phylogenetic placement based ultra-fast taxonomic assignment and OTU picking tool for microbiome amplicon sequencing studies

机译：HmmUFOtu：基于HMM和系统发育定位的超快速分类分配和OTU挑选工具用于微生物组扩增子测序研究

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Culture-independent analysis of microbial communities frequently relies on amplification and sequencing of the prokaryotic 16S ribosomal RNA gene. Typical analysis pipelines group sequences into operational taxonomic units (OTUs) to infer taxonomic and phylogenetic relationships. Here, we present HmmUFOtu, a novel tool for processing microbiome amplicon sequencing data, which performs rapid per-read phylogenetic placement, followed by phylogenetically informed clustering into OTUs and taxonomy assignment. Compared to standard pipelines, HmmUFOtu more accurately and reliably recapitulates microbial community diversity and composition in simulated and real datasets without relying on heuristics or sacrificing speed or accuracy.Electronic supplementary materialThe online version of this article (10.1186/s13059-018-1450-0) contains supplementary material, which is available to authorized users.
机译：不依赖于培养物的微生物群落分析通常依赖于原核生物16S核糖体RNA基因的扩增和测序。典型的分析流水线将序列分组为可操作的生物分类单位（OTU），以推断生物分类和系统发育关系。在这里，我们介绍HmmUFOtu，这是一种用于处理微生物组扩增子测序数据的新型工具，该工具可进行快速的按系统读取的系统发育定位，然后进行系统遗传学聚类到OTU和分类法分配中。与标准管道相比，HmmUFOtu可以更准确，更可靠地概括模拟和真实数据集中的微生物群落多样性和组成，而无需依靠试探法或牺牲速度或准确性。电子补充材料本文的在线版本（10.1186 / s13059-018-1450-0）包含补充材料，授权用户可以使用。

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