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Molecular Dynamics on Wood-Derived Lignans Analyzed by Intermolecular Network Theory

机译：分子间网络理论分析木材衍生木质素的分子动力学

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摘要

The dynamics of interactions to a solvent is a key factor in the proper characterization of new molecular structures. In molecular dynamics simulations, the solvent molecules are explicitly present, thereby defining a more accurate description on how the solvent molecules affect the molecular conformation. Intermolecular interactions in chemical systems, e.g., hydrogen bonds, can be considered as networks or graphs. Graph theoretical analyses can be an outstanding tool in analyzing the changes in interactions between solvent and solute. In this study, the software ChemNetworks is applied to interaction studies between TIP4P solvent molecules and organic solutes, i.e., wood-derived lignan-based ligands called LIGNOLs, thereby supporting the research of interaction networks between organic molecules and solvents. This new approach is established by careful comparisons to studies using previously available tools. In the hydration studies, tetramethyl 1,4-diol is found to be the LIGNOL which was most likely to form hydrogen bonds to the TIP4P solvent.
机译：与溶剂相互作用的动力学是正确表征新分子结构的关键因素。在分子动力学模拟中，溶剂分子明确存在，从而定义了关于溶剂分子如何影响分子构象的更准确描述。化学系统中的分子间相互作用（例如氢键）可以视为网络或图形。图形理论分析可以成为分析溶剂和溶质之间相互作用变化的出色工具。在这项研究中，将ChemNetworks软件用于TIP4P溶剂分子与有机溶质（即木材衍生的木质素基配体LIGNOLs）之间的相互作用研究，从而支持了有机分子与溶剂之间相互作用网络的研究。通过与使用现有工具的研究进行仔细比较，可以建立这种新方法。在水合研究中，发现四甲基1，4-二醇为LIGNOL，最有可能与TIP4P溶剂形成氢键。

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