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MoleGear: A Java-Based Platform for Evolutionary De Novo Molecular Design

机译：MoleGear：基于Java的从头进化分子设计平台

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A Java-based platform, MoleGear, is developed for de novo molecular design based on the chemistry development kit (CDK) and other Java packages. MoleGear uses evolutionary algorithm (EA) to explore chemical space, and a suite of fragment-based operators of growing, crossover, and mutation for assembling novel molecules that can be scored by prediction of binding free energy or a weighted-sum multi-objective fitness function. The EA can be conducted in parallel over multiple nodes to support large-scale molecular optimizations. Some complementary utilities such as fragment library design, chemical space analysis, and graphical user interface are also integrated into MoleGear. The candidate molecules as inhibitors for the human immunodeficiency virus 1 (HIV-1) protease were designed by MoleGear, which validates the potential capability for de novo molecular design.
机译：基于化学开发工具包（CDK）和其他Java软件包，开发了基于Java的平台MoleGear用于从头分子设计。 MoleGear使用进化算法（EA）探索化学空间，并使用一系列基于片段的增长，交叉和变异算子来组装新分子，这些新分子可通过预测结合自由能或加权和多目标适应度来进行评分功能。 EA可以在多个节点上并行执行，以支持大规模分子优化。 MoleGear还集成了一些补充实用程序，例如片段库设计，化学空间分析和图形用户界面。 MoleGear设计了作为人类免疫缺陷病毒1（HIV-1）蛋白酶抑制剂的候选分子，该分子验证了从头分子设计的潜在能力。

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