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首页> 美国卫生研究院文献>Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America >Spectroscopic recognition of guanine dimeric hairpin quadruplexes by a carbocyanine dye.
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Spectroscopic recognition of guanine dimeric hairpin quadruplexes by a carbocyanine dye.

机译：碳花青染料的光谱识别鸟嘌呤二聚体发夹四联体。

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摘要

Isolated guanine quadruplex structures have been described at high resolution both in solution and in the solid state. The existence of this unusual DNA structure in vivo and its biological significance remain to be determined. We describe the binding of 3,3'-diethyloxadicarbocyanine to dimeric hairpin guanine quadruplexes. This interaction results in a set of unique spectrophotometric signatures, none of which arises from binding to single strands or Watson-Crick duplexes. These unique signatures include a new absorbance peak (lambda max = 534 nm), an induced circular dichroism (lambda = 534-626 nm), a quenching of the dye fluorescence upon excitation with visible light, and strong energy transfer from DNA. This last effect provides the basis for detecting hairpin quadruplex structures in the presence of excess amounts of nonquadruplex DNA structures, such as single strands and Watson-Crick duplexes. The mechanism of quadruplex recognition by this dye is discussed, along with the possibility of using this dye as a probe for hairpin quadruplex structures in vitro and in vivo.
机译：分离的鸟嘌呤四链体结构已经在溶液和固态中以高分辨率被描述。体内这种异常DNA结构的存在及其生物学意义尚待确定。我们描述了3，3'-diethyloxadicarbocyanine到二聚体发夹鸟嘌呤四联体的结合。这种相互作用产生了一组独特的分光光度学特征，它们都不是由于与单链或沃森-克里克双链体的结合而产生的。这些独特的特征包括一个新的吸收峰（λ最大= 534 nm），诱导的圆二色性（λ= 534-626 nm），在可见光激发下染料荧光的猝灭以及从DNA的强大能量转移。最后的作用为在存在过量的非四链体DNA结构（例如单链和Watson-Crick双链体）时检测发夹四链体结构提供了基础。讨论了这种染料识别四链体的机理，以及在体外和体内将这种染料用作发夹四链体结构探针的可能性。

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