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The diffusive finite state projection algorithm for efficient simulation of the stochastic reaction-diffusion master equation

机译:用于有效模拟随机反应扩散主方程的扩散有限状态投影算法

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摘要

We have developed a computational framework for accurate and efficient simulation of stochastic spatially inhomogeneous biochemical systems. The new computational method employs a fractional step hybrid strategy. A novel formulation of the finite state projection (FSP) method, called the diffusive FSP method, is introduced for the efficient and accurate simulation of diffusive transport. Reactions are handled by the stochastic simulation algorithm.
机译:我们已经开发了一个计算框架,可以对随机空间非均匀生化系统进行准确而有效的仿真。新的计算方法采用分数步混合策略。介绍了一种新颖的有限状态投影(FSP)方法公式,称为扩散FSP方法,用于有效而准确地模拟扩散传输。反应由随机模拟算法处理。

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