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【2h】

DNA immunoprecipitation semiconductor sequencing (DIP-SC-seq) as a rapid method to generate genome wide epigenetic signatures

机译：DNA免疫沉淀半导体测序（DIP-SC-seq）作为生成全基因组表观遗传特征的快速方法

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Modification of DNA resulting in 5-methylcytosine (5 mC) or 5-hydroxymethylcytosine (5hmC) has been shown to influence the local chromatin environment and affect transcription. Although recent advances in next generation sequencing technology allow researchers to map epigenetic modifications across the genome, such experiments are often time-consuming and cost prohibitive. Here we present a rapid and cost effective method of generating genome wide DNA modification maps utilising commercially available semiconductor based technology (DNA immunoprecipitation semiconductor sequencing; “DIP-SC-seq”) on the Ion Proton sequencer. Focussing on the 5hmC mark we demonstrate, by directly comparing with alternative sequencing strategies, that this platform can successfully generate genome wide 5hmC patterns from as little as 500 ng of genomic DNA in less than 4 days. Such a method can therefore facilitate the rapid generation of multiple genome wide epigenetic datasets.
机译：DNA修饰产生5-甲基胞嘧啶（5 mC）或5-羟甲基胞嘧啶（5hmC）已显示影响局部染色质环境并影响转录。尽管下一代测序技术的最新进展使研究人员可以在基因组上绘制表观遗传修饰，但此类实验通常既费时又费钱。在这里，我们介绍了一种在离子质子测序仪上利用市售的基于半导体的技术（DNA免疫沉淀半导体测序；“ DIP-SC-seq”）快速，经济高效地生成全基因组DNA修饰图的方法。通过直接与替代测序策略进行比较，我们着眼于5hmC标记，表明该平台可以在不到4天的时间内从低至500μng的基因组DNA成功生成全基因组的5hmC模式。因此，这种方法可以促进快速生成多个全基因组表观遗传数据集。

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