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首页> 美国卫生研究院文献>DNA Research: An International Journal for Rapid Publication of Reports on Genes and Genomes >Making a chocolate chip: development and evaluation of a 6K SNP array for Theobroma cacao
【2h】

Making a chocolate chip: development and evaluation of a 6K SNP array for Theobroma cacao

机译：制作巧克力片：可可可可6K SNP阵列的开发和评估

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Theobroma cacao, the key ingredient in chocolate production, is one of the world's most important tree fruit crops, with ∼4,000,000 metric tons produced across 50 countries. To move towards gene discovery and marker-assisted breeding in cacao, a single-nucleotide polymorphism (SNP) identification project was undertaken using RNAseq data from 16 diverse cacao cultivars. RNA sequences were aligned to the assembled transcriptome of the cultivar Matina 1-6, and 330,000 SNPs within coding regions were identified. From these SNPs, a subset of 6,000 high-quality SNPs were selected for inclusion on an Illumina Infinium SNP array: the Cacao6kSNP array. Using Cacao6KSNP array data from over 1,000 cacao samples, we demonstrate that our custom array produces a saturated genetic map and can be used to distinguish among even closely related genotypes. Our study enhances and expands the genetic resources available to the cacao research community, and provides the genome-scale set of tools that are critical for advancing breeding with molecular markers in an agricultural species with high genetic diversity.
机译：可可豆是巧克力生产中的关键成分，是世界上最重要的果树作物之一，在50个国家/地区生产了约400万吨。为了实现可可中的基因发现和标记辅助育种，使用来自16个不同可可品种的RNAseq数据进行了单核苷酸多态性（SNP）鉴定项目。将RNA序列与品种Matina 1-6的组装转录组比对，并鉴定出编码区内的330,000个SNP。从这些SNP中，选择了6,000个高质量SNP的子集，以包含在Illumina Infinium SNP阵列中：Cacao6kSNP阵列。使用来自1,000多个可可样品的Cacao6KSNP阵列数据，我们证明了我们的定制阵列可产生饱和的遗传图谱，并可用于区分甚至密切相关的基因型。我们的研究增强和扩展了可可研究界可用的遗传资源，并提供了基因组规模的工具集，这些工具对于在具有高度遗传多样性的农业物种中用分子标记推进育种至关重要。

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