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A method for counting PCR template molecules with application to next-generation sequencing

机译:一种PCR模板分子的计数方法及其在下一代测序中的应用

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摘要

Amplification by polymerase chain reaction is often used in the preparation of template DNA molecules for next-generation sequencing. Amplification increases the number of available molecules for sequencing but changes the representation of the template molecules in the amplified product and introduces random errors. Such changes in representation hinder applications requiring accurate quantification of template molecules, such as allele calling or estimation of microbial diversity. We present a simple method to count the number of template molecules using degenerate bases and show that it improves genotyping accuracy and removes noise from PCR amplification. This method can be easily added to existing DNA library preparation techniques and can improve the accuracy of variant calling.
机译:通过聚合酶链反应进行的扩增通常用于制备下一代测序的模板DNA分子。扩增增加了可用于测序的分子数量,但改变了模板分子在扩增产物中的表达并引入了随机误差。表示形式的此类变化阻碍了需要对模板分子进行准确定量的应用,例如等位基因调用或微生物多样性评估。我们提出了一种使用简并碱基来计算模板分子数量的简单方法,并表明它提高了基因分型的准确性并消除了PCR扩增过程中的噪音。此方法可以轻松地添加到现有的DNA库制备技术中,并可以提高变异调用的准确性。

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