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An efficient exact algorithm for computing all pairwise distances between reconciliations in the duplication-transfer-loss model

机译：一种有效的精确算法用于计算复制-传输-损失模型中对帐之间的所有成对距离

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摘要

Phylogenetic tree reconciliation is an important method for studying the evolutionary histories of pairs of taxa such as genes and species, parasites and their hosts, and pairs of symbiont species. Given two phylogenetic trees and the association of their extant taxa, the objective is to find an association of the two trees that best explains their incongruity using a biological model of evolutionary events. In the widely-used Duplication-Transfer-Loss (DTL) model, the events considered are contemporaneous speciation, duplication, host/horizontal gene transfer, and loss/extinction.

机译：系统发育树和解是研究成对的类群的进化历史的重要方法，如基因和物种，寄生虫及其宿主以及共生物种对。给定两个系统发育树及其现存分类单元的关联，目标是使用进化事件的生物学模型找到两个树的关联，以最好地解释它们的不一致。在广泛使用的复制-转移-丢失（DTL）模型中，考虑的事件是同时发生的物种形成，复制，宿主/水平基因转移和丢失/灭绝。

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期刊名称 BMC Bioinformatics
作者
Santi Santichaivekin; Ross Mawhorter; Ran Libeskind-Hadas;
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作者单位

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年(卷),期 2019(20),Suppl 20
年度 2019
页码 -1
总页数 11
原文格式 PDF
正文语种
中图分类应用微生物学;生化遗传学;生化药理学;
关键词
Phylogenetic trees; Maximum parsimony reconciliation; Duplication-transfer-loss model;

机译：系统发育树;最大简约调节;重复转移损失模型;

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2. An efficient exact algorithm for computing all pairwise distances between reconciliations in the duplication-transfer-loss model [J] . Santi Santichaivekin, Ross Mawhorter, Ran Libeskind-Hadas BMC Bioinformatics . 2019,第S20期

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