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【2h】

Origin Specific Genomic Selection: A Simple Process To Optimize the Favorable Contribution of Parents to Progeny

机译：特定于起源的基因组选择：优化父母对后代的有利贡献的简单过程

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摘要

Modern crop breeding is in constant demand for new genetic diversity as part of the arms race with genetic gain. The elite gene pool has limited genetic variation and breeders are trying to introduce novelty from unadapted germplasm, landraces and wild relatives. For polygenic traits, currently available approaches to introgression are not ideal, as there is a demonstrable bias against exotic alleles during selection. Here, we propose a partitioned form of genomic selection, called Origin Specific Genomic Selection (OSGS), where we identify and target selection on favorable exotic alleles. Briefly, within a population derived from a bi-parental cross, we isolate alleles originating from the elite and exotic parents, which then allows us to separate out the predicted marker effects based on the allele origins. We validated the usefulness of OSGS using two nested association mapping (NAM) datasets: barley NAM (elite-exotic) and maize NAM (elite-elite), as well as by computer simulation. Our results suggest that OSGS works well in its goal to increase the contribution of favorable exotic alleles in bi-parental crosses, and it is possible to extend the approach to broader multi-parental populations.
机译：作为具有遗传增益的军备竞赛的一部分，现代农作物育种对新遗传多样性的需求不断增加。精英基因库的遗传变异有限，育种者正试图从不适应的种质，地方品种和野生近缘种引进新奇事物。对于多基因性状，目前可用的基因渗入方法并不理想，因为在选择过程中对外来等位基因存在明显的偏见。在这里，我们提出了一种基因组选择的分区形式，称为起源特定基因组选择（OSGS），在这里我们可以识别并靶向有利的外来等位基因进行选择。简而言之，在源自双亲杂交的群体中，我们分离了来自精英和外来父母的等位基因，这随后使我们能够根据等位基因的起源分离出预测的标记效应。我们使用两个嵌套关联映射（NAM）数据集：大麦NAM（精英-外来物种）和玉米NAM（精英-精英）以及计算机模拟，验证了OSGS的有用性。我们的结果表明，OSGS可以很好地实现其目标，以增加双亲杂交中有利的外来等位基因的贡献，并且有可能将方法扩展到更广泛的多亲本群体。

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