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The complete chloroplast genome sequence of Dendrobium thyrsiflorum (Orchidaceae) and its phylogenetic analysis

机译：Dendrobium thyrsiflorum（兰科）的完全叶绿体基因组序列及其系统发育分析

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Dendrobium thyrsiflorum Rchb.f., a native species to China, is widely used as an important garden flower and a traditional Chinese medicine. Herein, the complete chloroplast (cp) genome of D. thyrsiflorum was deciphered by high-throughput sequencing. The cp genome exhibited a typical quadripartite cycle of 151,686 bp in length, comprising of a pair of inverted repeats (IRa and IRb) of 26,293 bp which were intersected by a large single copy (LSC) region of 84,749 bp and a small single copy (SSC) region of 14,351 bp. A total of 126 genes were de novo assembled in this cp genome, including 78 protein genes, 40 tRNA genes and 8 rRNA genes. Among these genes, 86 genes (22 tRNAs and 64 coding genes) were single copy, the rest were two-copy genes, and the average of GC content of the whole genome is 37.55%. Phylogenetic trees showed that the D. thyrsiflorum was closely related to D. devonianum. This study provides molecular information for future evolution, genetic and molecular biology studies of Dendrobium.
机译：Dendrobium thyrsiflorum Rchb.f.，中国天然物种，被广泛用作重要的花园花和中药。这里，通过高通量测序破坏D.甲基甲基罗鲁姆的完整叶绿体（CP）基因组。 CP基因组长度表现出151,686bp的典型Quadriparte循环，其具有26,293bp的一对倒重复（IRA和IRB），其由84,749 bp的大单拷贝（LSC）区域和小单拷贝（ SSC）14,351 BP的区域。在该CP基因组中，共组装了126个基因，包括78个蛋白质基因，40个TRNA基因和8 rRNA基因。在这些基因中，86个基因（22个TreNAS和64个编码基因）是单拷贝，其余的是两拷贝基因，整个基因组的GC含量的平均值为37.55％。系统发育树表明，D. Thyrsiflorum与D. devonianum密切相关。本研究为石斛的未来演化，遗传和分子生​​物学研究提供了分子信息。

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