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【2h】

Skip the Alignment: Degenerate, Multiplex Primer and Probe Design Using K-mer Matching Instead of Alignments

机译：跳过比对：使用K-mer匹配而不是比对的简并，多重引物和探针设计

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摘要

PriMux is a new software package for selecting multiplex compatible, degenerate primers and probes to detect diverse targets such as viruses. It requires no multiple sequence alignment, instead applying k-mer algorithms, hence it scales well for large target sets and saves user effort from curating sequences into alignable groups. PriMux has the capability to predict degenerate primers as well as probes suitable for TaqMan or other primer/probe triplet assay formats, or simply probes for microarray or other single-oligo assay formats. PriMux employs suffix array methods for efficient calculations on oligos 10-∼100 nt in length. TaqMan® primers and probes for each segment of Rift Valley fever virus were designed using PriMux, and lab testing comparing signatures designed using PriMux versus those designed using traditional methods demonstrated equivalent or better sensitivity for the PriMux-designed signatures compared to traditional signatures. In addition, we used PriMux to design TaqMan® primers and probes for unalignable or poorly alignable groups of targets: that is, all segments of Rift Valley fever virus analyzed as a single target set of 198 sequences, or all 2863 Dengue virus genomes for all four serotypes available at the time of our analysis. The PriMux software is available as open source from .
机译：PriMux是一个新软件包，用于选择多重兼容的简并引物和探针以检测多种目标，例如病毒。它不需要多重序列比对，而是应用k-mer算法，因此可以很好地缩放大型目标集，并节省了将序列整理为可比对组的工作量。 PriMux具有预测简并引物以及适用于TaqMan或其他引物/探针三重态测定形式的探针的能力，或仅用于微阵列或其他单寡核苷酸测定形式的探针的能力。 PriMux使用后缀数组方法对长度为10到100 nt的寡核苷酸进行高效计算。使用PriMux设计了裂谷热病毒每个片段的TaqMan®引物和探针，并通过实验室测试比较了使用PriMux设计的签名和使用传统方法设计的签名，与传统签名相比，PriMux设计的签名具有同等或更佳的敏感性。此外，我们使用PriMux设计了TaqMan®引物和探针，用于无法对准或难以对准的目标组：也就是说，将裂谷热病毒的所有片段分析为198个序列的单个靶标，或者针对所有序列的所有2863登革热病毒基因组在我们进行分析时，有四种血清型可用。 PriMux软件可以从处以开源形式获得。

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