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【24h】

Greene SCPrimer: a rapid comprehensive tool for designing degenerate primers from multiple sequence alignments

机译：Greene SCPrimer：从多种序列比对设计简并引物的快速综合工具

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Polymerase chain reaction (PCR) is widely applied in clinical and environmental microbiology. Primer design is key to the development of successful assays and is often performed manually by using multiple nucleic acid alignments. Few public software tools exist that allow comprehensive design of degenerate primers for large groups of related targets based on complex multiple sequence alignments. Here we present a method for designing such primers based on tree building followed by application of a set covering algorithm, and demonstrate its utility in compiling Multiplex PCR primer panels for detection and differentiation of viral pathogens.
机译：聚合酶链反应（PCR）已广泛应用于临床和环境微生物学。引物设计是开发成功的检测方法的关键，通常通过使用多个核酸比对手动进行。很少有公共软件工具可以基于复杂的多序列比对，针对大量相关靶标进行简并引物的全面设计。在这里，我们介绍了一种基于树的构建设计此类引物的方法，然后应用一套覆盖算法，并展示了其在编写用于检测和区分病毒病原体的多重PCR引物板中的实用性。

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