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首页> 外文期刊>Genome Biology >Chrom3D: three-dimensional genome modeling from Hi-C and nuclear lamin-genome contacts
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Chrom3D: three-dimensional genome modeling from Hi-C and nuclear lamin-genome contacts

机译：Chrom3D：从Hi-C和核纤层蛋白基因组接触进行三维基因组建模

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Current three-dimensional (3D) genome modeling platforms are limited by their inability to account for radial placement of loci in the nucleus. We present Chrom3D, a user-friendly whole-genome 3D computational modeling framework that simulates positions of topologically-associated domains (TADs) relative to each other and to the nuclear periphery. Chrom3D integrates chromosome conformation capture (Hi-C) and lamin-associated domain (LAD) datasets to generate structure ensembles that recapitulate radial distributions of TADs detected in single cells. Chrom3D reveals unexpected spatial features of LAD regulation in cells from patients with a laminopathy-causing lamin mutation. Chrom3D is freely available on github.
机译：当前的三维（3D）基因组建模平台由于无法解释基因座在核中的径向位置而受到限制。我们提出了Chrom3D，这是一种用户友好的全基因组3D计算建模框架，可模拟拓扑相关域（TAD）相对于彼此以及相对于核外围的位置。 Chrom3D整合了染色体构象捕获（Hi-C）和层粘连蛋白相关域（LAD）数据集，以生成结构集合，概括了在单个细胞中检测到的TAD的径向分布。 Chrom3D揭示了患有导致椎板病的椎板突变的患者细胞中LAD调控的意想不到的空间特征。 Chrom3D在github上免费提供。

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