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A comparative analysis of DNA barcode microarray feature size

机译：DNA条形码微阵列特征尺寸的比较分析

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Background Microarrays are an invaluable tool in many modern genomic studies. It is generally perceived that decreasing the size of microarray features leads to arrays with higher resolution (due to greater feature density), but this increase in resolution can compromise sensitivity. Results We demonstrate that barcode microarrays with smaller features are equally capable of detecting variation in DNA barcode intensity when compared to larger feature sizes within a specific microarray platform. The barcodes used in this study are the well-characterized set derived from the Yeast KnockOut (YKO) collection used for screens of pooled yeast (Saccharomyces cerevisiae) deletion mutants. We treated these pools with the glycosylation inhibitor tunicamycin as a test compound. Three generations of barcode microarrays at 30, 8 and 5 μm features sizes independently identified the primary target of tunicamycin to be ALG7. Conclusion We show that the data obtained with 5 μm feature size is of comparable quality to the 30 μm size and propose that further shrinking of features could yield barcode microarrays with equal or greater resolving power and, more importantly, higher density.
机译：背景技术微阵列是许多现代基因组学研究中的宝贵工具。通常认为，减小微阵列特征的尺寸导致阵列具有更高的分辨率（由于更大的特征密度），但是分辨率的这种增加会损害灵敏度。结果我们证明，与特定微阵列平台中的较大特征尺寸相比，具有较小特征的条形码微阵列具有相同的检测DNA条形码强度变化的能力。在这项研究中使用的条形码是从酵母敲除（YKO）集合中衍生出来的特性良好的集合，用于筛选合并的酵母（Saccharomyces cerevisiae）缺失突变体。我们用糖基化抑制剂衣霉素作为测试化合物处理了这些库。三代条形码微阵列的特征尺寸分别为30、8和5μm，独立确定衣霉素的主要靶标为ALG7。结论我们表明，以5μm的特征尺寸获得的数据具有与30μm的尺寸相当的质量，并建议进一步缩小特征可以产生具有相同或更高分辨力，更重要的是具有更高密度的条形码微阵列。

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