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【24h】

Gene order alignment on trees with multiOrthoAlign

机译：使用multiOrthoAlign对树进行基因顺序比对

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We relate the comparison of gene orders to an alignment problem. Our evolutionary model accounts for both rearrangement and content-modifying events. We present a heuristic based on dynamic programming for the inference of the median of three genomes and apply it in a phylogenetic framework. multiOrthoAlign is shown accurate on simulated and real datasets, and shown to significantly improve the running-time of DupLoCut, an "almost" exact algorithm based on linear programming, developed recently for the same problem.
机译：我们将基因顺序的比较与比对问题联系起来。我们的进化模型考虑了重新安排和内容修改事件。我们提出了一种基于动态编程的启发式方法，用于推断三个基因组的中位数，并将其应用于系统发育框架中。 multiOrthoAlign在模拟数据集和真实数据集上显示准确，并且显示出可以显着改善DupLoCut的运行时间，DupLoCut是最近针对同一问题开发的基于线性编程的“几乎”精确算法。

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