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Genome-wide identification and characterization of long intergenic noncoding RNAs in the regenerative flatworm Macrostomum lignano

机译：再生扁平虫Macroostomum Lignano中长期非编码RNA的基因组鉴定与表征

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The free-living flatworm Macrostoma lignano (M. lignano) is an emerging model organism for aging and regeneration research. Long intergenic non-coding RNAs (lincRNAs) have important roles in many biological processes such as aging, stem cell maintenance and differentiation. However, to date, there is no systematic identification of lincRNAs in M. lignano. By using public RNA-seq data, we identified a total of 2547 lincRNA transcripts in M. lignano genome. We discovered that M. lignano lincRNAs shared many characteristics with other species such as shorter in length, lower GC content, and lower in expression compared to protein-coding genes. Unlike protein-coding genes, M. lignano lincRNAs showed higher tendency to be expressed in temporal and region-specific fashion. Additionally, co-expression network analysis and functional enrichment suggest that M. lignano lincRNAs have potential roles in regeneration. This study will provide important resources and pave the way for investigations on non-coding genes involved in aging and regeneration.
机译：自由生活Frentworm Macrostoma Lignano（Lignano）是一种新兴模型的生物，可用于老化和再生研究。长期性非编码RNA（Lincrnas）在许多生物学过程中具有重要作用，例如老化，干细胞维持和分化。然而，迄今为止，M. Lignano中没有Lincrnas的系统识别。通过使用公共RNA-SEQ数据，我们在M.Lignano基因组中鉴定了2547种LincrNA转录物。我们发现，与蛋白质编码基因相比，M. Lignano Lincrnas与其他物种相比，与其他物种相比，与蛋白质编码基因相比，与其他物种相比，如较短的物种，如较短的，较低的GC含量和表达下降。与蛋白质编码基因不同，M.Lignano Lincrnas表现出以时间和地区特异性方式表达的趋势。此外，共表达网络分析和功能丰富表明M.Lignano Lincrnas在再生中具有潜在的作用。本研究将为重要资源提供重要资源，并为参与老化和再生的非编码基因进行调查。

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