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An active DNA transposon family in rice

机译：水稻中活跃的DNA转座子家族

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The publication of draft sequences for the two subspecies of Oryza sativa (rice), japonica (cv. Nipponbare) and indica (cv. 93-11), provides a unique opportunity to study the dynamics of transposable elements in this important crop plant. Here we report the use of these sequences in a computational approach to identify the first active DNA transposons from rice and the first active miniature inverted-repeat transposable element (MITE) from any organism. A sequence classified as a Tourist-like MITE of 430 base pairs, called miniature Ping (mPing), was present in about 70 copies in Nipponbare and in about 14 copies in 93-11. These mPing elements, which are all nearly identical, transpose actively in an indica cell-culture line. Database searches identified a family of related transposase-encoding elements (called Pong), which also transpose actively in the same cells. Virtually all new insertions of mPing and Pong elements were into low-copy regions of the rice genome. Since the domestication of rice mPing MITEs have been amplified preferentially in cultivars adapted to environmental extremes―a situation that is reminiscent of the genomic shock theory for transposon activation.
机译：水稻（粳稻），粳稻（日本ippo）和in稻（93-11）两个亚种的序列草案的出版，为研究这一重要农作物中转座因子的动力学提供了独特的机会。在这里，我们报告了这些序列在计算方法中的用途，以鉴定来自水稻的第一个活性DNA转座子和来自任何生物的第一个活性微型反向重复转座因子（MITE）。分类为430个碱基对的“旅行者样” MITE的序列称为微型Ping（mPing），在日本晴中大约有70个拷贝，在93-11中大约有14个拷贝。这些几乎相同的mPing元件在in细胞培养系中活跃地转座。数据库搜索确定了一系列相关的转座酶编码元件（称为Pong），它们也活跃地转入同一细胞中。实际上，所有新插入的mPing和Pong元素都进入了水稻基因组的低拷贝区域。自从水稻mPing MITEs的驯化被优先在适应极端环境的品种中扩增以来，这种情况让人想起了转座子激活的基因组休克理论。

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