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首页> 外文期刊>Physics of life reviews >Can we model DNA at the mesoscale? Comment on 'Fluctuations in the DNA double helix: A critical review' by Frank-Kamenetskii and Prakash
【24h】

Can we model DNA at the mesoscale? Comment on 'Fluctuations in the DNA double helix: A critical review' by Frank-Kamenetskii and Prakash

机译：我们可以在中尺度上对DNA建模吗？ Frank-Kamenetskii和Prakash对“ DNA双螺旋中的波动：批判性评论”的评论

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The review by Frank-Kamenetskii and Prakash [1] includes a discussion on the theoretical approaches intending to provide a quantitative analysis of DNA fluctuations, but, as this topic is very broad, it concentrates on two particular cases: the two-state Poland-Scheraga model [2] and the Peyrard-Bishop-Dauxois (PBD) mesoscopic approach which describes the fluctuations of a base pair in terms of a single variable [3], the stretching of the pair. The main point of the authors, emphasized in the conclusion, is that any mesoscopic model does not make sense, and as molecular dynamics cannot reach the time scales needed to investigate an event so rare as base-pair opening, only the two-state model remains. We think that such a sharp judgment can be questioned.
机译：Frank-Kamenetskii和Prakash的评论[1]讨论了旨在对DNA涨落进行定量分析的理论方法，但是，由于该主题涉及面很广，因此着重于两个特殊情况：两国波兰- Scheraga模型[2]和Peyrard-Bishop-Dauxois（PBD）介观方法，根据单个变量[3]来描述碱基对的波动，即碱基对的伸展。在结论中强调，作者的主要观点是，任何介观模型都没有意义，并且由于分子动力学无法达到研究碱基对开放这样罕见的事件所需的时间尺度，因此只有二态模型遗迹。我们认为，这样一个敏锐的判断是值得质疑的。

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