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首页> 外文期刊>The American Journal of Tropical Medicine and Hygiene >Chikungunya Virus Sequences across the First Epidemic in Nicaragua, 2014-2015
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Chikungunya Virus Sequences across the First Epidemic in Nicaragua, 2014-2015

机译：2014-2015年，尼加拉瓜首次流行的基孔肯雅病毒序列

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Chikungunya is caused by the mosquito-borne arthrogenic alphavirus, chikungunya virus (CHIKV). Chikungunya was introduced into the Americas in late 2013 and Nicaragua in mid-2014. Here, we sequenced five imported and 30 autochthonous Nicaraguan CHIKV from cases identified in the first epidemic in the country between August 2014 and April 2015. One full-length and two partial genomic sequences were obtained by deep sequencing; Sanger methodology yielded 33 El sequences from five imported and 28 autochthonous cases. Phylogenetic analysis indicates that Nicaraguan CHIKV all belonged to the Asian genotype, Caribbean Glade. Moreover, El gene sequences revealed accumulation of mutations in later months of the epidemic, including four silent mutations in 11 autochthonous cases and three non-synonymous mutations in three autochthonous cases. No mutations contributing to increased transmissibility by Aedes albopictus were identified in the El gene. This represents the most comprehensive set of CHIKV sequences available from the Americas to date.
机译：基孔肯雅热是由蚊传的人工α病毒基孔肯雅热病毒（CHIKV）引起的。基孔肯雅热于2013年底被引入美洲，2014年中期被引入尼加拉瓜。在这里，我们从2014年8月至2015年4月在该国首次流行的病例中确定了5例进口的尼加拉瓜CHIKV病毒和30例自发的尼加拉瓜CHIKV病毒。 Sanger方法从5个进口病例和28个自发病例中获得了33个El序列。系统发育分析表明，尼加拉瓜CHIKV均属于亚洲基因型加勒比海沼地。此外，E1基因序列揭示了在流行的后几个月中突变的积累，包括在11个自发病例中的四个沉默突变和在三个自发病例中的三个非同义突变。在E1基因中未鉴定出导致白纹伊蚊提高传播能力的突变。这代表了迄今为止美洲最全面的CHIKV序列集。

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