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Accurate Calculations of Ligand Binding Free Energies: Chiral Separation with Enantioselective Receptors

机译：配体结合自由能的精确计算：对映体选择性受体的手性分离。

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Qualitatively accurate calculations of ligand binding free energies (BFEs) as applied to chiral selective receptors using the MINTA (mode integration) algorithm are presented. Extensive conformational searches are first performed using a mixed mode Monte Carlo algorithm (MCMM/LMCS) followed by computation of the BFEs using the MINTA approach. The Merck (MMFFs) force field is used throughout. Deficiencies in the default MMFFs partial charges and torsion parameters assigned to atoms directly involved in substrate binding are systematically removed by reparametrization of these parameters using the program PAROPT and on the basis of Jaguar quantum mechanics calculations. The new force field parameters lead to a systematic improvement in qualitative trends of BFE differences (ΔΔG_(L-D)) for different receptors as compared with the experimental enantioselectivities (ee's). The results suggest that this method can be extended to a larger and more complex class of receptors such as proteins.
机译：提出了定性准确的计算配体结合自由能（BFEs）的手性选择性受体使用MINTA（模式集成）算法。首先使用混合模式蒙特卡洛算法（MCMM / LMCS）执行广泛的构象搜索，然后使用MINTA方法计算BFE。默克（MMFFs）力场始终使用。通过使用程序PAROPT并根据Jaguar量子力学计算对这些参数进行重新参数化，可以系统地消除默认MMFF的部分电荷和分配给直接与底物结合有关的原子的扭转参数的不足。与实验对映选择性（ee's）相比，新的力场参数导致系统地改善了不同受体的BFE差异（ΔΔG_（L-D））的定性趋势。结果表明该方法可以扩展到更大和更复杂的一类受体，例如蛋白质。

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