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Arguments for standardizing transposable element annotation in plant genomes

机译：植物基因组中转座子注释标准化的争论

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Whole genome sequence assemblies have been generated for many plants. Annotation of transposable elements (TEs), which constitute the major proportion of genomes and play a significant role in epigenome alterations under stress, has not been given equal importance to that of genes. In this opinion article, we argue that the lack of focus dedicated to the fine-scale characterization of repeat fractions and the absence of consistent methods for their annotation impede our ability to critically understand the influence of TEs on the epigenome with implications in gene expression and non-Mendelian inheritance. Major structural changes occur over an evolutionary time scale. However, epigenetic regulation mediated by TEs can happen in a single generation,thus emphasizing the need for their standardized annotation.
机译：已经为许多植物产生了全基因组序列组装体。转座子（TEs）的注释，构成基因组的主要部分，并在压力下的表观基因组改变中起着重要作用，但其注释与基因没有同等重要。在这篇观点文章中，我们认为，缺乏专注于重复片段精细表征的关注，以及缺乏一致的注释方法，阻碍了我们批判性地理解TEs对表观基因组的影响，从而影响了基因表达和表达能力。非孟德尔式的继承。主要的结构变化发生在进化的时间尺度上。然而，由TE介导的表观遗传调控可能发生在一代人之内，因此强调了对其标准化注释的需求。

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