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首页> 外文期刊>Journal of Bioinformatics and Computational Biology >PAIRWISE PROTEIN STRUCTURE ALIGNMENT BASED ON AN ORIENTATION-INDEPENDENT BACKBONE REPRESENTATION
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PAIRWISE PROTEIN STRUCTURE ALIGNMENT BASED ON AN ORIENTATION-INDEPENDENT BACKBONE REPRESENTATION

机译：基于方向独立的骨干表示的对蛋白质结构对齐

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Determining structural similarities between proteins is an important problem since it can help identify functional and evolutionary relationships. In this paper, an algorithm is proposed to align two protein structures. Given the protein backbones, the algorithm finds a rigid motion of one backbone onto the other such that large substructures are matched. The algorithm uses a representation of the backbones that is independent of their relative orientations in space and applies dynamic programming to this representation to compute an initial alignment, which is then refined iteratively. Experiments indicate that the algorithm is competitive with two well-known algorithms, namely DALI and LOCK.
机译：确定蛋白质之间的结构相似性是一个重要的问题，因为它可以帮助识别功能和进化关系。本文提出了一种比对两种蛋白质结构的算法。给定蛋白质骨架，该算法找到一个骨架到另一个骨架的刚性运动，从而匹配较大的亚结构。该算法使用主干的表示形式，该表示形式与其骨架在空间中的相对方向无关，并将动态编程应用于该表示形式以计算初始对齐方式，然后对其进行迭代完善。实验表明，该算法与DALI和LOCK这两种著名算法相比具有竞争优势。

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