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首页> 外文期刊>Journal of Bioinformatics and Computational Biology >COUNTING OF OLIGOMERS IN SEQUENCES GENERATED BY MARKOV CHAINS FOR DNA MOTIF DISCOVERY
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COUNTING OF OLIGOMERS IN SEQUENCES GENERATED BY MARKOV CHAINS FOR DNA MOTIF DISCOVERY

机译：MARKOV链产生的DNA MOTIF发现序列中寡聚体的计数

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By means of the technique of the imbedded Markov chain, an efficient algorithm is proposed to exactly calculate first, second moments of word counts and the probability for a word to occur at least once in random texts generated by a Markov chain. A generating function is introduced directly from the imbedded Markov chain to derive asymptotic approximations for the problem. Two Z-scores, one based on the number of sequences with hits and the other on the total number of word hits in a set of sequences, are examined for discovery of motifs on a set of promoter sequences extracted from A. thaliana genome. Source code is available at www.itp.ac.cn/ zheng/oligo.c.
机译：借助嵌入的马尔可夫链技术，提出了一种有效的算法来精确计算单词计数的第一，第二时刻以及在由马尔可夫链生成的随机文本中单词出现至少一次的概率。直接从嵌入的马尔可夫链中引入生成函数，以导出问题的渐近近似。检查了两个Z得分，一个基于具有点击的序列的数目，另一个基于一组序列中的单词的总数，以检查从拟南芥基因组中提取的一组启动子序列上的基序发现。源代码可从www.itp.ac.cn/zheng/oligo.c获得。

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