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首页> 外文期刊>Journal of biomedical informatics. >Desiderata for domain reference ontologies in biomedicine.
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Desiderata for domain reference ontologies in biomedicine.

机译：Desiderata用于生物医学领域的参考本体。

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Domain reference ontologies represent knowledge about a particular part of the world in a way that is independent from specific objectives, through a theory of the domain. An example of reference ontology in biomedical informatics is the Foundational Model of Anatomy (FMA), an ontology of anatomy that covers the entire range of macroscopic, microscopic, and subcellular anatomy. The purpose of this paper is to explore how two domain reference ontologies--the FMA and the Chemical Entities of Biological Interest (ChEBI) ontology, can be used (i) to align existing terminologies, (ii) to infer new knowledge in ontologies of more complex entities, and (iii) to manage and help reasoning about individual data. We analyze those kinds of usages of these two domain reference ontologies and suggest desiderata for reference ontologies in biomedicine. While a number of groups and communities have investigated general requirements for ontology design and desiderata for controlled medical vocabularies, we are focusingon application purposes. We suggest five desirable characteristics for reference ontologies: good lexical coverage, good coverage in terms of relations, compatibility with standards, modularity, and ability to represent variation in reality.
机译：领域参考本体通过领域理论以与特定目标无关的方式表示有关世界特定部分的知识。生物医学信息学中的参考本体的一个例子是解剖学的基础模型（FMA），它是一个涵盖了宏观，微观和亚细胞解剖学整个范围的解剖学本体。本文的目的是探索如何使用两种域参考本体-FMA和生物感兴趣的化学实体（ChEBI）本体（i）调整现有术语，（ii）推断关于本体的新知识更复杂的实体，以及（iii）管理和帮助推理单个数据。我们分析了这两种领域参考本体的使用方式，并为生物医学中的参考本体建议了desiderata。尽管许多团体和社区已经研究了用于受控医学词汇的本体设计和需求方的一般要求，但我们将重点放在应用目的上。我们建议参考本体具有五个理想的特征：良好的词汇覆盖率，良好的关系覆盖率，与标准的兼容性，模块化以及代表现实变化的能力。

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