...
  • 主题
高级搜索  >
历史搜索 清空历史
首页> 外文期刊>Journal of Biomolecular Structure and Dynamics >Genomic choice of codons in 16 microbial species.
【24h】

Genomic choice of codons in 16 microbial species.

机译：16种微生物物种密码子的基因组选择。

获取原文
获取原文并翻译 | 示例
           
页面导航
  • 摘要
  • 著录项
  • 相似文献
  • 相关主题

摘要

We study the codon usage over whole set of ORFs of 16 unicellular microbial species: eight archaebacteria, seven eubacteria, and one eukarya. We first try to define, for each species, the neutral expected codon usage to better approach subsequently the influence of selection. Overlapping triplets counted from the complete DNA genomic sequence and mean amino acid composition of ORFs allow us to build satisfying expected codon usage for each species. Within species deviation from this neutral model is then studied through Correspondence Analysis and characterization with bias index, N(C)' (effective number of codons reported to neutral model). Our results are compared to previously published ones for three species and let appear good agreement in spite of very different methods. We thus propose set of codons probably preferred by selection for nine other species. In the four last species, no clear preference can be evidenced. Finally, we characterize variation of codon usage over functional categories. We propose that the high degree of bias of proteins involved in translation, ribosomal structure and biogenesis has a positive influence on overexpression of the corresponding genes under optimum growth conditions and is a negative regulator of the same genes when amino acids become limited resources.
机译：我们研究了16种单细胞微生物物种的整个ORF的密码子使用情况：八种古细菌，七种真细菌和一种真核生物。我们首先尝试为每个物种定义中性的预期密码子用法，以更好地随后选择的影响。从完整的DNA基因组序列和ORF的平均氨基酸组成计算出的重叠三联体使我们能够为每个物种建立令人满意的预期密码子用法。然后通过对应分析和偏倚指数N（C）'（向中性模型报告的有效密码子数）表征研究与该中性模型的物种偏差。我们的结果与之前发表的三个物种的结果进行了比较，尽管方法非常不同，但仍显示出良好的一致性。因此，我们提出了可能被其他9个物种选择而首选的密码子集。在最后四个物种中，没有明显的偏好可以证明。最后，我们描述了功能类别上密码子用法的变化。我们提出，在最佳生长条件下，参与翻译，核糖体结构和生物发生的蛋白质的高度偏向性对相应基因的过表达具有积极影响，而当氨基酸成为有限资源时，则是相同基因的负调节剂。

著录项

相似文献

  • 外文文献
  • 中文文献
  • 专利
获取原文

客服邮箱：kefu@zhangqiaokeyan.com

京公网安备：11010802029741号 ICP备案号：京ICP备15016152号-6 六维联合信息科技 (北京) 有限公司©版权所有

  • 客服微信

  • 服务号