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首页> 外文期刊>Journal of Molecular Biology >Anatomy of a preferred target site for the bacterial insertion sequenceIS903
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Anatomy of a preferred target site for the bacterial insertion sequenceIS903

机译：细菌插入序列IS903的首选靶位的解剖

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Like many transposons the bacterial insertion sequence IS903 was thought to insert randomly. However, using both genetic and statistical approaches, we have derived a target site for IS903 that is used 84% of the time. Computational and genetic analyses of multiple IS903 insertion sites predicted a preferred target consisting of a 21 bp palindromic pattern centered on the 9 bp target duplication generated during transposition. Here we show that targeting can be dissected into four components: the 5 bp flanking sequences, the most important sequences required for site-specific insertion; the 7 bp palindromic core within the target duplication; the dinucleotide pair at the transposon-target junction; and the local DNA context. Finally, using a substrate with multiple target sites we show that a target site is more likely found by a local bind-and-slide model and not by extended DNA tracking.
机译：像许多转座子一样，细菌插入序列IS903被认为是随机插入的。但是，通过遗传和统计方法，我们得出了IS903的目标网站，该网站有84％的时间被使用。对多个IS903插入位点的计算和遗传分析预测了一个优选的靶标，该靶标由21 bp的回文模式组成，其中心位于转座过程中产生的9 bp靶标重复中。在这里，我们表明靶向可分为四个部分：5 bp侧翼序列，位点特异性插入所需的最重要序列;目标重复中的7 bp回文核心;转座子-靶连接处的二核苷酸对;以及当地的DNA环境。最后，使用具有多个目标位点的底物，我们表明目标位点更可能是通过局部结合和滑动模型而不是通过扩展的DNA追踪找到的。

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