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Covariance analysis of RNA recognition motifs identifies functionallylinked amino acids

机译：RNA识别基序的协方差分析可识别功能性连接的氨基酸

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The RNA recognition motif (RRM) is one of the most common eukaryotic protein motifs. RRM sequences form a conserved globular structure known as the RNA-binding domain (RBD) or the ribonucleoprotein domain. Many proteins that contain RRM sequences bind RNA in a sequence-specific manner. To investigate the basis for the RNA-binding specificity of RRMs, we subjected 330 aligned RRM sequences to covariance analysis. The analysis revealed a single network of covariant amino acid pairs comprising the buried core of the RED and a surface patch. Structural studies have implicated a subset of these residues in RNA binding. The covariance linkages identify a larger set of amino acid residues, including some not directly in contact with bound RNA, that may influence RNA-binding specificity.
机译：RNA识别基序（RRM）是最常见的真核蛋白质基序之一。 RRM序列形成一个保守的球状结构，称为RNA结合结构域（RBD）或核糖核蛋白结构域。许多包含RRM序列的蛋白质都以序列特异性方式结合RNA。为了研究RRM的RNA结合特异性的基础，我们对330个对齐的RRM序列进行了协方差分析。分析揭示了包含RED的隐埋核心和表面斑块的协变氨基酸对的单个网络。结构研究表明这些残基的一部分与RNA结合有关。协方差连锁确定了较大的氨基酸残基集，包括一些不直接与结合的RNA接触的氨基酸残基，这些残基可能影响RNA结合的特异性。

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