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STRUCTURE AND CONFORMATION OF HELICAL NUCLEIC ACIDS - ANALYSIS PROGRAM (SCHNAAP)

机译：螺旋核酸的结构和构型-分析程序（SCHNAAP）

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We present a new versatile program, SCHNAaP, for the analysis of double-helical nucleic acid structures. The program uses mathematically rigorous and fully reversible procedures for calculating the structural parameters: the Cambridge University Engineering Department Helix computation Scheme (CEHS) is used to determine the local helical parameters and an analogous procedure is used to determine the global helical parameters. These parameters form a complete set that conforms to the ''Cambridge Accord'' on definitions and nomenclature of nucleic acid structure parameters. Ln addition to the two standard Watson-Crick base-pairs, the program handles mismatched base-pairs and chemically modified bases. An analysis of the sugar-phosphate backbone conformation is included. Standardized base-stacking diagrams of each dinucleotide step with reference to the mid-step triad are generated, Structures are classified as one of the four polymorphic families, A/B, Z, W or R, although W- and R-DNA (two types of hypothetical structure) have yet to be observed experimentally. (C) 1997 Academic Press Limited. [References: 49]
机译：我们提出了一种新的通用程序SCHNAaP，用于分析双螺旋核酸结构。该程序使用数学上严格且完全可逆的程序来计算结构参数：剑桥大学工程系的螺旋计算方案（CEHS）用于确定局部螺旋参数，而类似的过程用于确定全局螺旋参数。这些参数构成一个完整的集合，符合核酸结构参数的定义和术语上的“剑桥协议”。除了两个标准的Watson-Crick碱基对外，该程序还可以处理错配的碱基对和化学修饰的碱基。包括糖-磷酸主链构象的分析。生成了每个二核苷酸步骤相对于中间三联体的标准化碱基堆积图，结构被归类为四个多态家族之一，A / B，Z，W或R，尽管W-和R-DNA（两个类型的假设结构）尚待实验观察。 （C）1997 Academic Press Limited。 [参考：49]

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