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首页> 外文期刊>Journal of Molecular Evolution >Phylogeny of prokaryotes and chloroplasts revealed by a simple composition approach on all protein sequences from complete genomes without sequence alignment
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Phylogeny of prokaryotes and chloroplasts revealed by a simple composition approach on all protein sequences from complete genomes without sequence alignment

机译：通过简单的组成方法，对来自完整基因组的所有蛋白质序列进行原核生物和叶绿体的系统发育，无需序列比对

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The complete genomes of living organisms have provided much information on their phylogenetic relationships. Similarly, the complete genomes of chloroplasts have helped to resolve the evolution of this organelle in photosynthetic eukaryotes. In this paper we propose an alternative method of phylogenetic analysis using compositional statistics for all protein sequences from complete genomes. This new method is conceptually simpler than and computationally as fast as the one proposed by Qi et al. (2004b) and Chu et al. (2004). The same data sets used in Qi et al. (2004b) and Chu et al. (2004) are analyzed using the new method. Our distance-based phylogenic tree of the 109 prokaryotes and eukaryotes agrees with the biologists "tree of life" based on 16S rRNA comparison in a predominant majority of basic branching and most lower taxa. Our phylogenetic analysis also shows that the chloroplast genomes are separated to two major clades corresponding to chlorophytes s.l. and rhodophytes s.l. The interrelationships among the chloroplasts are largely in agreement with the current understanding on chloroplast evolution.
机译：生命有机体的完整基因组提供了有关其系统发生关系的许多信息。同样，叶绿体的完整基因组有助于解决该细胞器在光合真核生物中的进化。在本文中，我们提出了一种替代的系统发育分析方法，该方法使用了来自完整基因组的所有蛋白质序列的成分统计数据。这种新方法在概念上比Qi等人提出的方法更简单并且计算速度也更快。 （2004b）和Chu等。 （2004）。 Qi等人使用的相同数据集。 （2004b）和Chu等。 （2004年）使用新方法进行分析。我们基于109个原核生物和真核生物的基于距离的系统发育树与生物学家基于16S rRNA比较的“生命之树”相一致，其中绝大多数为基础分支，而多数为较低的分类单元。我们的系统发育分析还表明，叶绿体基因组被分为两个主要的进化枝，分别对应于叶绿素s.l。和红景天属植物叶绿体之间的相互关系在很大程度上与目前对叶绿体演变的理解一致。

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