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Tetraloop-like Geometries Could Form the Basis of the Catalytic Activity of the Most Ancient Ribooligonucleotides

机译：四环状的几何形状可能形成最古老的核糖寡核苷酸的催化活性的基础。

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The origin of the catalytic activity of ancient oligonucleotides is a largely unexplored field of contemporary science. In the current work we use molecular dynamics simulations to investigate the plausibility of tetraloop-like overhang geometries to initiate transphosphorylation reactions that lead to ligation and terminal cleavage in simple, Watson-Crick (WC) complementary oligoC/oligoG sequences observed experimentally. We show a series of examples of known tetraloop architectures, which can be adopted by the unpaired overhangs of short oligonucleotide sequences for a sufficiently long time to enable chemical reactions that lead to simple ribozyme-like catalytic activity. Thus, our computations demonstrate that the role of non-WC interactions at the emergence of the most ancient catalytic oligonucleotides could be more significant than ever believed.
机译：古代寡核苷酸的催化活性的起源是当代科学的很大程度上未开发的领域。在当前的工作中，我们使用分子动力学模拟研究类似四环的突出端几何结构，以引发转磷酸化反应的合理性，该反应导致以实验观察到的简单的Watson-Crick（WC）互补oligoC / oligoG序列导致连接和末端切割。我们显示了一系列已知的四环结构实例，短的寡核苷酸序列的未配对突出端可在足够长的时间内采用该实例，以使化学反应能够导致简单的核酶样催化活性。因此，我们的计算表明，在最古老的催化寡核苷酸出现时，非WC相互作用的作用可能比以往任何时候都重要。

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