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首页> 外文期刊>The Journal of Chemical Physics >Minimum free energy pathways and free energy profiles for conformational transitions based on atomistic molecular dynamics simulations
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Minimum free energy pathways and free energy profiles for conformational transitions based on atomistic molecular dynamics simulations

机译：基于原子分子动力学模拟的构象转变的最小自由能途径和自由能谱

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An efficient method for the calculation of minimum free energy pathways and free energy profiles for conformational transitions is presented.Short restricted perturbation-targeted molecular dynamics trajectories are used to generate an approximate free energy surface.Approximate reaction pathways for the conformational change are constructed from one-dimensional line segments on this surface using a Monte Carlo optimization.Accurate free energy profiles are then determined along the pathways by means of one-dimensional adaptive umbrella sampling simulations.The method is illustrated by its application to the alanine "dipeptide." Due to the low computational cost and memory demands,the method is expected to be useful for the treatment of large biomolecular systems.
机译：提出了一种计算构象转变的最小自由能途径和自由能分布图的有效方法，使用了短受限扰动目标的分子动力学轨迹来生成近似自由能表面，并构筑了构象变化的近似反应途径。使用蒙特卡洛优化对该表面上的三维线段进行测量。然后，通过一维自适应伞状采样模拟，沿着路径确定准确的自由能分布。该方法在丙氨酸“二肽”中的应用得到了说明。由于低的计算成本和存储需求，该方法有望用于大型生物分子系统的治疗。

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