The threshold algorithm: Description of the methodology and new developments

Neelamraju Sridhar; Oligschleger Christina; Schoen J. Christian

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The threshold algorithm: Description of the methodology and new developments

机译：阈值算法：方法和新发展的描述

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Understanding the dynamics of complex systems requires the investigation of their energy landscape. In particular, the flow of probability on such landscapes is a central feature in visualizing the time evolution of complex systems. To obtain such flows, and the concomitant stable states of the systems and the generalized barriers among them, the threshold algorithm has been developed. Here, we describe the methodology of this approach starting from the fundamental concepts in complex energy landscapes and present recent new developments, the threshold-minimization algorithm and the molecular dynamics threshold algorithm. For applications of these new algorithms, we draw on landscape studies of three disaccharide molecules: lactose, maltose, and sucrose. Published by AIP Publishing.

机译：了解复杂系统的动态需要调查他们的能量景观。特别地，在这种景观上的概率流动是可视化复杂系统的时间演变的中心特征。为了获得这种流动，以及系统中的伴随稳定状态以及它们之间的广义障碍，已经开发了阈值算法。在这里，我们描述了从复杂能量景观的基本概念和目前最近的新发展，阈值最小化算法和分子动力学阈值算法的基本概念开始的这种方法的方法。对于这些新算法的应用，我们利用三种二糖分子的景观研究：乳糖，麦芽糖和蔗糖。通过AIP发布发布。

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来源
《The Journal of Chemical Physics》 |2017年第15期|共21页
作者
Neelamraju Sridhar; Oligschleger Christina; Schoen J. Christian;
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作者单位

Tata Inst Fundamental Res Natl Ctr Biol Sci GKVK Campus Bangalore 560065 Karnataka India;

Univ Appl Sci Bonn Rhein Sieg Von Liebig Str 20 D-53359 Rheinbach Germany;

Max Planck Inst Solid State Res Heisenbergstr 1 D-70569 Stuttgart Germany;

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原文格式 PDF
正文语种 eng
中图分类物理化学（理论化学）、化学物理学;
关键词

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