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首页> 外文期刊>Journal of Molecular Biology >PconsFam: An Interactive Database of Structure Predictions of Pfam Families
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PconsFam: An Interactive Database of Structure Predictions of Pfam Families

机译：PCONSFAM：PFAM系列结构预测的交互式数据库

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At present, about half of the protein domain families lack a structural representative. However, in the last decade, predicting contact maps and using these to model the tertiary structure for these protein families have become an alternative approach to gain structural insight. At present, reliable models for several hundreds of protein families have been created using this approach. To increase the use of this approach, we present PconsFam, which is an intuitive and interactive database for predicted contact maps and tertiary structure models of the entire Pfam database. By modeling all possible families, both with and without a representative structure, using the PconsFold2 pipeline, and running quality assessment estimator on the models, we predict an estimation for how confident the contact maps and structures are for each family. (C) 2019 Published by Elsevier Ltd.
机译：目前，大约一半的蛋白质领域家庭缺乏结构代表。 然而，在过去的十年中，预测联系地图并使用这些以模拟这些蛋白质家族的三级结构已成为获得结构洞察力的替代方法。 目前，已经使用这种方法创建了几百份蛋白质家族的可靠模型。 为了增加这种方法的使用，我们展示了PCONSFAM，这是一个直观和交互式数据库，用于预测联系地图和整个PFAM数据库的三级结构模型。 通过使用PCONSFOLD2管道和在模型上运行质量评估估算器的所有可能的家庭，无论是具有代表性结构的所有可能的家庭，我们都预测了联系地图和结构是针对每个家庭的信心的估计。 （c）2019年由elestvier有限公司发布

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