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Reliability of clades and taxonomical congruence - Application to the phylogeny of acanthomorph teleosts

机译：进化枝的可靠性和分类学上的一致性-在棘生硬骨鱼类系统发育中的应用

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En phylogenie, l'analyse combinee d'un ensemble de donnees peut faire apparaitre des clades robustes mail pas fiables. Afin d'es?timer la fiabilite des clades, la presente these propose un indice de repetition prenant en compte le nombre d'occurrences obtenues pour un Glade sur un ensemble d'analyses de donnees independan?tes. Il est egalement tenu compte de la presence ou non de clades eux-memes repetes et incompatibles avec le Glade d'interet. L'indi?ce de repetition est appliqué a un ensemble de donnees d'environ 200 taxons et comportant quatre marqueurs nucleaires, dont un nouvellement utilise : RNF213. Ces marqueurs sont analyses sepa?rement et en combinaisons partielles, ce qui permet de beneficier des avantages de l'analyse combinee tout en ayant des series de resultats independants a comparer. Des arbres de synthese incluant en priorite les clades les plus fiables sont construits, ce qui permet de preciser les relations entre acanthomorphes (Actinopterygii : Teleostei). Les groupements traditionnellement reconnus que sont les Labroidei, Scombroidei, Trachinoidei, Scorpaeniformes et Gas?terosteiformes ne sont clairement pas monophyletiques. Cichlidae et Pomacentridae sont proches des Mugilidae, Gobiesocoidei, Blen?nioidei et Atherinomorpha. Les Gobioidei sont probablement grou?pe-frere des Apogonidae. Scombridae et Trichiuridae se placent dans un Glade contenant Stromateoidei, Bramidae, Chiasmodonti?dae, Syngnathoidei, Dactylopteroidei, Callionymoidei et Mullidae. Xiphiidae et Sphyraenidae sont apparentes, entre autres, aux Caran?goidei, Pleuronectiformes, Centropomidae et Toxotidae. Les Gaste?rosteoidei sont proches des Zoarcoidei, de la plupart des Scorpaeni?formes, des Percidae, des Serranidae, des Trachinidae et des Noto?thenioidei. Indostomus est place en compagnie des Symbranchifor?mes, des Channoidei et des Anabantoidei.
机译：在系统发育上，对一组数据的综合分析可以发现不可靠的稳固进化枝。为了估计进化枝的可靠性，本论文提出了一种重复指数，该指数考虑了在一组独立的数据分析中为Glade获得的出现次数。还考虑了进化枝本身是否存在以及是否与感兴趣的Glade不兼容。重复索引应用于大约200个分类单元的数据集，包括四个核标记，其中一个是新使用的：RNF213。这些标记分别进行单独分析和部分组合进行分析，这使得可以从组合分析的优势中受益，同时拥有独立的要比较的结果集。优先构建了最可靠的进化枝，包括合成树，这使指定棘手动物之间的关系成为可能（Actinopterygii：Teleostei）。传统上公认的拉贝科、,科，曲铁科，蝎形目和加斯加畸形目类不是单种的。丽鱼科和梭菌科都接近于Mugilidae，Gobiesocoidei，Blen？Nioidei和Atherinomorpha。 Gobioidei可能是Apogonidae的兄弟。 Scombridae和Trichiuridae置于Glade中，其中含有Stromateoidei，Bramideae，Chiasmodonti？Dae，Syngnathoidei，Dactylopteroidei，Callionymoidei和Mullidae。 Xiphiidae和Sphyraenidae与Caran？Goidei，Pleuronectiformes，Centropomidae和Toxotidae有关。 Gaste？Rosteoidei与Zoarcoidei，大多数Scorpaeni？形式，Percidae，Serranidae，Trachinidae和Noto？Thenioidei密切相关。 Indostomus被放置在Symbranchifor？Mes，Channidei和Anabantoidei的公司中。

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