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首页> 外文期刊>Acta crystallographica, Section D. Biological crystallography >NuProPlot: nucleic acid and protein interaction analysis and plotting program
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NuProPlot: nucleic acid and protein interaction analysis and plotting program

机译：NuProPlot：核酸和蛋白质相互作用分析和绘图程序

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Growing numbers of protein and nucleic acid complex structures are being determined and deposited in the Protein Data Bank and the Nucleic Acid Database. With the increasing complexity of these structures, it is challenging to analyse and visualize the three-dimensional interactions. The currently available programs for such analysis and visualization are limited in their applications. They can only analyse a subset of protein-nucleic acid complexes and require multiple iterations before obtaining plots that are suitable for presentation. An interactive web-based program, NuProPlot (http://www.nuproplot.com), has been developed which can automatically identify hydrogen, electrostatic and van der Waals interactions between proteins and nucleic acids and generate a plot showing all of the interactions. Protein-DNA and protein-RNA interactions can be visualized in simple two-dimensional schematics. Interactive schematic drawing options allow selection of the plotted area and repositioning of the individual interactions for better legibility. NuProPlot is a fully automated and user-friendly program providing various custom options. NuProPlot represents a greatly improved option for analysis and presentation of protein-nucleic acid interactions.
机译：正在确定数量越来越多的蛋白质和核酸复合物结构，并将其存放在蛋白质数据库和核酸数据库中。随着这些结构的复杂性不断增加，分析和可视化三维交互是一项挑战。用于此类分析和可视化的当前可用程序在其应用程序中受到限制。他们只能分析蛋白质-核酸复合物的一个子集，并且需要多次迭代才能获得适合展示的图。已经开发了基于网络的交互式程序NuProPlot（http://www.nuproplot.com），该程序可以自动识别蛋白质和核酸之间的氢，静电和范德华相互作用，并生成显示所有相互作用的图。蛋白质-DNA和蛋白质-RNA的相互作用可以通过简单的二维示意图显示。交互式示意图选项允许选择绘制区域并重新定位各个交互，以提高可读性。 NuProPlot是一个完全自动化且用户友好的程序，提供各种自定义选项。 NuProPlot代表了蛋白质和核酸相互作用的分析和表示的极大改进的选择。

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