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A multilevel-skin neighbor list algorithm for molecular dynamics simulation

机译：用于分子动力学仿真的多级皮肤邻居列表算法

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AbstractSearching of the interaction pairs and organization of the interaction processes are important steps in molecular dynamics (MD) algorithms and are critical to the overall efficiency of the simulation. Neighbor lists are widely used for these steps, where thicker skin can reduce the frequency of list updating but is discounted by more computation in distance check for the particle pairs. In this paper, we propose a new neighbor-list-based algorithm with a precisely designed multilevel skin which can reduce unnecessary computation on inter-particle distances. The performance advantages over traditional methods are then analyzed against the main simulation parameters on Intel CPUs and MICs (many integrated cores), and are clearly demonstrated. The algorithm can be generalized for various discrete simulations using neighbor lists.]]>
机译：<！[cdata [ Abstract 搜索交互对和交互过程的组织是分子动力学（MD）算法中的重要步骤，对整体效率至关重要模拟。邻居列表广泛用于这些步骤，其中较厚的皮肤可以降低列表更新的频率，但是磁距检查粒子对的距离检查中的更多计算折扣。在本文中，我们提出了一种新的基于邻居列表的算法，具有精确设计的多级皮肤，这可以减少对粒子间距离的不必要的计算。然后针对英特尔CPU和MICS（许多集成核心）的主要仿真参数分析了传统方法的性能优势，并清楚地证明。可以使用邻居列表推广该算法。 ]]>

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