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首页> 外文期刊>Current Protocols in Bioinformatics >Mothulity Facilitates 16S/ITS Amplicon Diversity Analysis
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Mothulity Facilitates 16S/ITS Amplicon Diversity Analysis

机译：Mothility有助于16S /其扩增子分集分析

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摘要

We present Mothulity—a novel interface for Mothur, a well‐established tool for 16S/ITS biodiversity analysis. Although Mothur is a well‐documented and virtually complete software suite, its proper execution might be challenging for first‐time users, and editing the Mothur batch scripts is time consuming even for experienced users. Mothur produces little to no graphical output, leaving the generation of plots to the user. Mothulity minimizes the chance of human error through a minimalistic yet powerful interface, with most of the analysis parameters predefined or adjusted automatically. Time spent on running the analysis is drastically reduced, since Mothulity produces an HTML report with publication‐quality figures. Finally, Mothulity can be conveniently used with the SLURM workload manager, and is thereby suitable for a range of computing facilities.
机译：我们提出 Mothulity -A 为 Mothur ， 为 16S / ITS 生物多样性 分析 行之有效的 工具， 界面新颖 。 虽然 Mothur 是 一个良好的 记录 ，几乎 完整的 软件套件 ， 它的 正确执行 可能 具有挑战性的 首次用户 ， 并编辑 Mothur 批处理脚本 是 时间 耗费 ，甚至 有经验的用户 。 Mothur 产生 很少或几乎没有 图形输出 ，而使 曲线 的产生 给用户。 Mothulity 通过 简约 但功能强大的 接口 减少 人为错误 的机会， 大多数 预定义或 自动调节的 分析 参数。 花费在 运行分析 的时间 大大减少 ， 因为 Mothulity 产生 HTML 报告， 出版质量的 数字。 最后， Mothulity 可以 方便地与 SLURM 工作负荷管理器 使用，并且 由此 适用于 各种 计算 设备。

著录项

  • 来源
  • 作者

    D. Izak; A. Gromadka; S. Kaczanowski;

  • 作者单位

    Department of Bioinformatics Institute of Biochemistry and Biophysics Polish Academy of Science Warsaw Poland;

    Department of Bioinformatics Institute of Biochemistry and Biophysics Polish Academy of Science Warsaw Poland;

    Department of Bioinformatics Institute of Biochemistry and Biophysics Polish Academy of Science Warsaw Poland;

  • 收录信息
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  • 正文语种 eng
  • 中图分类 遗传学;
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