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A study of the impact of DNA helical rise on protein-DNA interaction

机译：DNA螺旋升起对蛋白质DNA相互作用的影响研究

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Nucleosomes are not uniformly distributed along DNA and their positioning (termed "nucleosomal landscape") can be derived using data available for several genomes. In this study we analyzed DNA helical rise profiles through a tetranucleotide code, and we defined the nucleosomal landscape of several sequences forming dinucleosomes and of the sequences of huntingtin, myotonic dystrophy type 1 and fragile mental retardation 2 genes, which contained several repeated sequences. We also analyzed the profiles of some sequences interacting with transcription factors or with RNA polymerase II. In the genomes of Cenorhabditis elegans, Mus musculus and Homo sapiens we found profiles with extremely low helical rise values, characteristic of nucleosome free regions. We defined these regions as "holes" and found that their presence correlates with lamina associated domains sequences. Altogether, this study shows that DNA helical rise profile may have a role in gene expression modulation and in shaping chromosomal structure.
机译：核桃瘤不均匀地沿DNA分布，并且它们的定位（称为“核常规景观”）可以使用可用于几种基因组的数据来导出。在该研究中，我们通过四核苷酸代码分析了DNA螺旋升性曲线，并且我们定义了形成二核肉的几个序列的核致组景观，并封闭蛋白，肌营养不良型1和脆弱的精神发育迟滞2基因的序列，其含有几种重复序列。我们还分析了与转录因子相互作用或RNA聚合酶II相互作用的一些序列的谱。在Cenorhabditis elegans的基因组中，Mus Musculus和Homo Sapiens我们发现了具有极低螺旋升值的曲线，核心自由地区的特征。我们将这些区域定义为“孔”，发现它们的存在与Lamina相关域序列相关。该研究总共表明，DNA螺旋升性分布可能在基因表达调制和成形染色体结构中具有作用。

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