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Annotation of plasmid genes

机译：质粒基因的注释

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Good annotation of plasmid genomes is essential to maximise the value of the rapidly increasing volume of plasmid sequences. This short review highlights some of the current issues and suggests some ways forward. Where a well -studied related plasmid system exists we recommend that new annotation adheres to the convention already established for that system, so long as it is based on sound principles and solid experimental evidence, even if some of the new genes are more similar to homologues in different systems. Where a well established model does not exist we provide generic gene names that reflect likely biochemical activity rather than overall purpose particularly, for example, where genes clearly belong to a type IV secretion system but it is not known whether they function in conjugative transfer or virulence. We also recommend that annotators use a whole system naming approach to avoid ending up with an illogical mixture of names from other systems based on the highest scoring match from a BLAST search. In addition, where function has not been experimentally established we recommend using just the locus tag, rather than a function-related gene name, while recording possible functions as notes rather than in a provisional name.
机译：质粒基因组的良好注释对于最大化质粒序列的快速增加体积的值是必要的。这篇短暂的评论强调了一些当前的问题，并提出了一些方式前进。如果存在良好相关的相关质粒系统，我们建议新的注释遵守已经为该系统建立的“公约”，只要它基于声音原则和实体实验证据即使一些新的基因与同源物更类似于其他新的基因在不同的系统中。在不存在良好建立的模型的情况下，我们提供反映可能的生物化学活性而不是整体目的的通用基因名称，特别是，例如，基因清楚地属于IV型分泌系统，但不知道它们是否在缀合物转移或毒力中起作用。我们还建议注释器使用整个系统命名方法，以避免基于BLAST搜索的最高评分匹配的其他系统中的名称的不合逻辑混合。此外，在没有经过实验建立功能的情况下，我们建议使用轨迹标记，而不是函数相关的基因名称，同时将可能的功能录制为票据而不是临时名称。

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